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万見
- PDB-2fv4: NMR solution structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fv4
タイトルNMR solution structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain
要素
  • Hypothetical 24.6 kDa protein in ILV2-ADE17 intergenic region
  • Hypothetical 25.2 kDa protein in AFG3-SEB2 intergenic region
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PROTEIN BINDING / alpha-beta / complex / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


centromere clustering / Ndc80 complex / sister chromatid biorientation / chromosome segregation / kinetochore / microtubule binding / cell division / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #430 / Chromosome segregation protein Spc25 / Spc24, Fungi, globular domain superfamily / Kinetochore-Ndc80 subunit Spc24 / Spc24 subunit of Ndc80 / Copper Amine Oxidase; Chain A, domain 1 / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinetochore protein SPC25 / Kinetochore protein SPC24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Schnell, J.R. / Chou, J.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structure of a central component of the yeast kinetochore: the spc24p/spc25p globular domain.
著者: Wei, R.R. / Schnell, J.R. / Larsen, N.A. / Sorger, P.K. / Chou, J.J. / Harrison, S.C.
履歴
登録2006年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical 25.2 kDa protein in AFG3-SEB2 intergenic region
B: Hypothetical 24.6 kDa protein in ILV2-ADE17 intergenic region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5122
ポリマ－19,5122
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical 25.2 kDa protein in AFG3-SEB2 intergenic region


分子量: 10585.985 Da / 分子数: 1 / 断片: SPC25P GLOBULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YER018C / プラスミド: PET3ATR / 細胞株 (発現宿主): ROSETTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40014
#2: タンパク質 Hypothetical 24.6 kDa protein in ILV2-ADE17 intergenic region


分子量: 8926.170 Da / 分子数: 1 / 断片: SPC24P GLOBULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YMR117C, YM9718.16C / プラスミド: PET3ATR / 細胞株 (発現宿主): ROSETTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04477

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TROSY versions of HNCA, HN(CA)CB and HNCO; 3D 15N-TOCSY-HSQC.
122TROSY versions of HNCA, HN(CA)CB and HNCO; 3D 15N-TOCSY-HSQC.
1333D 15N-NOESY, 3D 13C-NOESY, and 3D 15N-edited 13C-filtered NOESY; 2D spin echo difference experiments for measuring three-bond J(C'C) and J(NC); standard HNCO-based 3D experiments for measuring one-bond J(NH) and J(C'CA).
1443D 15N-NOESY, 3D 13C-NOESY, and 3D 15N-edited 13C-filtered NOESY; 2D spin echo difference experiments for measuring three-bond J(C'C), J(NC) and J(CC); standard HNCO-based 3D experiments for measuring one-bond J(NH).
155Standard HNCO-based 3D experiments for measuring residual one-bond D(NH) and D(C'CA).
166Standard HNCO-based 3D experiments for measuring residual one-bond D(NH).

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM spc25G U-15N,13C,85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.
21.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C,85%-2H, 95% H2O, 5% D2O50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.
31.5 mM spc25G U-15N,13C, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.
41.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 95% H2O, 5% D2O50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.
51.5 mM spc25G U-15N,13C, 85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.
61.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.
試料状態イオン強度: 50 mM sodium phosphate buffer / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1Frank Delaglio解析
CARA1.2Rochus Kellerデータ解析
Xplor-NIH2.11Charles Schwieters精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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