+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fug | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex I from Thermus thermophilus | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT / RESPIRATORY CHAIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / molybdopterin cofactor binding / respiratory chain complex I / iron-sulfur cluster assembly / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding ...: / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / molybdopterin cofactor binding / respiratory chain complex I / iron-sulfur cluster assembly / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / ferric iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sazanov, L.A. / Hinchliffe, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the hydrophilic domain of respiratory complex I from Thermus thermophilus. 著者: Sazanov, L.A. / Hinchliffe, P. #1: ![]() タイトル: Organization of iron-sulfur clusters in respiratory complex I 著者: Hinchliffe, P. / Sazanov, L.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 402.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 534.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-NADH-quinone oxidoreductase chain ... , 7種, 28分子 1AJS2BKT3CLU4DMV5ENW6FOX9GPY
#1: タンパク質 | 分子量: 48693.715 Da / 分子数: 4 / 断片: Hydrophilic domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 20309.162 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 86656.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 46428.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 23893.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 20262.564 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 20106.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|
-タンパク質 , 1種, 4分子 7HQZ
#8: タンパク質 | 分子量: 14812.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 3種, 40分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-SF4 / #10: 化合物 | ChemComp-FES / #11: 化合物 | ChemComp-FMN / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.52 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.4-0.5M NaCl, 0.1M CaCl2 and 8-10% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月7日 |
放射 | モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97564 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→29.988 Å / Num. all: 196320 / Num. obs: 195669 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 47.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rsym value: 0.158 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.48 Å / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. measured all: 84269 / Num. unique all: 26742 / Num. unique obs: 26742 / Rsym value: 0.552 / % possible all: 89.2 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: The number of reflections used in refinement included two derivatives and Fe-edge, at lower resolution, were merged in SHARP during phasing.
| ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 10
|