[日本語] English
万見
- PDB-2ftk: berylloflouride Spo0F complex with Spo0B -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ftk
タイトルberylloflouride Spo0F complex with Spo0B
要素
  • Sporulation initiation phosphotransferase B
  • Sporulation initiation phosphotransferase F
キーワードTRANSFERASE / Sporulation / Spo0F / Spo0B phosphorelay
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; リンを含む基を移すもの / sporulation resulting in formation of a cellular spore / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / kinase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sporulation initiation phosphotransferase B (SpoOB), C-terminal domain / Sporulation initiation phosphotransferase B, C-terminal / Sporulation initiation phosphotransferase B, C-terminal domain superfamily / Sporulation initiation phospho-transferase B, C-terminal / Sporulation initiation phospho-transferase B, C-terminal / SpoOB, alpha-helical domain / Sensor_kinase_SpoOB-type, alpha-helical domain / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / : ...Sporulation initiation phosphotransferase B (SpoOB), C-terminal domain / Sporulation initiation phosphotransferase B, C-terminal / Sporulation initiation phosphotransferase B, C-terminal domain superfamily / Sporulation initiation phospho-transferase B, C-terminal / Sporulation initiation phospho-transferase B, C-terminal / SpoOB, alpha-helical domain / Sensor_kinase_SpoOB-type, alpha-helical domain / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / : / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / Heat Shock Protein 90 / CheY-like superfamily / Response regulator / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sporulation initiation phosphotransferase B / Sporulation initiation phosphotransferase F
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Varughese, K.I.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of Beryllofluoride Spo0F in Complex with the Phosphotransferase Spo0B Represents a Phosphotransfer Pretransition State.
著者: Varughese, K.I. / Tsigelny, I. / Zhao, H.
履歴
登録2006年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sporulation initiation phosphotransferase B
B: Sporulation initiation phosphotransferase B
C: Sporulation initiation phosphotransferase B
D: Sporulation initiation phosphotransferase B
E: Sporulation initiation phosphotransferase F
F: Sporulation initiation phosphotransferase F
G: Sporulation initiation phosphotransferase F
H: Sporulation initiation phosphotransferase F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,32612
ポリマ－147,2288
非ポリマー974
水00
1
A: Sporulation initiation phosphotransferase B
B: Sporulation initiation phosphotransferase B
E: Sporulation initiation phosphotransferase F
F: Sporulation initiation phosphotransferase F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6636
ポリマ－73,6144
非ポリマー492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8780 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area25770 Å2
手法PISA
2
C: Sporulation initiation phosphotransferase B
D: Sporulation initiation phosphotransferase B
G: Sporulation initiation phosphotransferase F
H: Sporulation initiation phosphotransferase F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6636
ポリマ－73,6144
非ポリマー492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8310 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area26670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.467, 118.331, 168.235
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Sporulation initiation phosphotransferase B / Stage 0 sporulation protein B


分子量: 22573.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: spo0B, spo0D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P06535, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: タンパク質
Sporulation initiation phosphotransferase F / Stage 0 sporulation protein F


分子量: 14233.564 Da / 分子数: 4 / Mutation: Y13S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: spo0F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P06628, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.1
詳細: 0.5 M KCl, 25% PEG2000, 100mM Tris HCl ph8.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月14日
放射モノクロメーター: Flat mirror and bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.05→19.86 Å / Num. all: 28073 / Num. obs: 28073 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.05→3.24 Å / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
CNS精密化
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F51

1f51


解像度: 3.05→19.86 Å / 交差検証法: R free / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1404 -Random
Rwork0.232 ---
all-28073 --
obs-28073 98.6 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9830 0 4 0 9834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る