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- PDB-2frb: NMR structure of the alpha-conotoxin GI (ASN4)-benzoylphenylalani... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2frb
タイトルNMR structure of the alpha-conotoxin GI (ASN4)-benzoylphenylalanine derivative
要素Alpha-conotoxin GIA
キーワードTOXIN (毒素) / ALPHA-CONOTOXIN GI / BENZOPHENONE ANALOGS / NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR ANTAGONIST
機能・相同性Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin GI
機能・相同性情報
生物種Conus geographus (アンボイナ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Pashkov, V.S. / Maslennikov, I. / Kasheverov, I.V. / Zhmak, M.N. / Utkin, Y.N. / Tsetlin, V.I. / Arseniev, A.S.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2006
タイトル: Alpha-Conotoxin GI benzoylphenylalanine derivatives. (1)H-NMR structures and photoaffinity labeling of the Torpedo californica nicotinic acetylcholine receptor.
著者: Kasheverov, I.E. / Chiara, D.C. / Zhmak, M.N. / Maslennikov, I.V. / Pashkov, V.S. / Arseniev, A.S. / Utkin, Y.N. / Cohen, J.B. / Tsetlin, V.I.
履歴
登録2006年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / diffrn ...database_2 / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-conotoxin GIA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5821
ポリマ－1,5821
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LEAST RESTRAINTS VIOLATION
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Alpha-conotoxin GIA


分子量: 1581.817 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-13 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The protein was chemically synthesized. / 由来: (合成) Conus geographus (アンボイナ) / 参照: UniProt: P01519

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D TOCSY
131ROESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 1H-NMR SPECTROSCOPY ON SYNTHETIC (PBF4)-GI ANALOGUE.

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 10 mM (Bpa4)-GI, 85% H2O/15% D2O / Label: sample_1 / 溶媒系: 85% H2O/15% D2O
試料濃度: 10 mM / 構成要素: (Bpa4)-GI / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態pH: 3.4 / 圧: 1.0 atm / 温度: 313.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guntert, Braun and Wuthrich精密化
DYANA1.5Guntert, Braun and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINTS VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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