PDB-2fqz: Metal-depleted Ecl18kI in complex with uncleaved DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fqz

タイトル

Metal-depleted Ecl18kI in complex with uncleaved DNA

要素

DNA STRAND 1
DNA STRAND 2
R.Ecl18kI

キーワード

Hydrolase/DNA / ECL18KI-DNA COMPLEX / TYPE II RESTRICTION ENDONUCLEASE / NUCLEOTIDE FLIPPING / BASE EXTRUSION / Hydrolase-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bochtler, M. / Szczepanowski, R.H. / Tamulaitis, G. / Grazulis, S. / Czapinska, H. / Manakova, E. / Siksnys, V.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Nucleotide flips determine the specificity of the Ecl18kI restriction endonuclease
著者: Bochtler, M. / Szczepanowski, R.H. / Tamulaitis, G. / Grazulis, S. / Czapinska, H. / Manakova, E. / Siksnys, V.

履歴

登録	2006年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

Remark 300

BIOMOLECULE 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fqz.cif.gz	289.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fqz.ent.gz	234.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fqz_validation.pdf.gz	479.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fqz_full_validation.pdf.gz	519.3 KB	表示
XML形式データ	2fqz_validation.xml.gz	51 KB	表示
CIF形式データ	2fqz_validation.cif.gz	73.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/2fqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/2fqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gb7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4doz-d 2gb7-1 3ujz-d 3ur3-d 5oxd-d 1fvh-d 5npd-d 1q18-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

E: DNA STRAND 1

F: DNA STRAND 2

G: DNA STRAND 1

H: DNA STRAND 2

A: R.Ecl18kI

B: R.Ecl18kI

C: R.Ecl18kI

D: R.Ecl18kI

155 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: DNA STRAND 1

F: DNA STRAND 2

A: R.Ecl18kI

B: R.Ecl18kI

登録者が定義した集合体
77.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: DNA STRAND 1

H: DNA STRAND 2

C: R.Ecl18kI

D: R.Ecl18kI

登録者が定義した集合体
77.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.371, 95.519, 190.173
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA STRAND 1 分子量: 2741.800 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖	DNA STRAND 2 分子量: 2732.786 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質	R.Ecl18kI / Restriction endonuclease 分子量: 35938.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: ecl18kIR / プラスミド: pUC129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: O87963
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.64 % 解説: Data for refinement were collected at 0.8019 A. MAD data were collected on a bromide soaked crystal (1.05, 0.900, 0.9198, 0.9200) and on a crystal of the selenomethionine variant (0.9792, 0.9795)
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: 0.4M (NH4)H2PO4, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
1,2,3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	EMBL/DESY, HAMBURG	X13	1	0.8019
シンクロトロン	MPG/DESY, HAMBURG	BW6	2	1.05, 0.900, 0.9198, 0.9200
シンクロトロン	MPG/DESY, HAMBURG	BW6	3	0.9792, 0.9795

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARRESEARCH	1	CCD	2002年5月27日	BENT MIRROR
MARRESEARCH	2	CCD	2002年11月6日
MARRESEARCH	3	CCD	2005年9月18日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	TRIANGULAR MONOCHROMATOR	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	2
3		MAD	M	x-ray	3

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.8019	1
2	1.05	1
3	0.9	1
4	0.9198	1
5	0.92	1
6	0.9792	1
7	0.9795	1

反射

解像度: 2→20 Å / Num. all: 93417 / Num. obs: 93417 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 35 Å² / R_merge(I) obs: 0.034 / R_sym value: 0.034 / Net I/σ(I): 41

反射シェル

解像度: 2→2.03 Å / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.12 / Num. unique all: 4852 / R_sym value: 0.24 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
GETAX		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 9.219 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: TLS refinement used

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	4608	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
all	0.22	90885	-	-
obs	0.22	90885	92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9638	726	0	555	10919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	11387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.332	2.127	15675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.571	5	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.877	24.342	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.494	15	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.08	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8097
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	6423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	7804
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	925
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.252	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.241	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.013	1.5	5982
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.228	2	9486
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.999	3	6691
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.726	4.5	6189

LS精密化シェル

解像度: 2→2.03 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	354	-
R_work	0.23	6054	-
obs	-	6518	96.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7891	1.9962	1.4479	2.3879	1.0314	1.9087	0.7926	-0.1943	-0.873	0.3253	-0.1843	-0.0966	0.6122	-0.2822	-0.6082	0.0581	-0.0628	-0.4229	-0.2765	0.1337	0.4226	39.457	19.405	23.764
2	2.2086	0.4354	1.5334	2.4336	0.3289	2.3635	0.4482	-0.0854	-0.4723	0.3595	-0.0855	-0.29	0.238	0.0434	-0.3627	-0.0581	-0.023	-0.1069	-0.1113	0.0142	0.1447	56.011	38.165	29.792
3	1.7136	-0.4131	1.1083	2.4372	-0.3571	0.9892	0.4062	0.2037	-0.5608	-0.3035	0.0563	0.1023	0.2755	-0.0787	-0.4624	-0.0049	-0.0009	-0.2041	-0.0843	-0.0645	0.212	25.378	31.831	4.05
4	2.0598	0.2783	1.169	0.8006	-0.2165	1.6461	-0.0849	0.1878	0.0981	-0.0393	0.0303	0.0284	-0.1572	0.0626	0.0546	-0.0918	-0.0033	0.0069	-0.0496	0.0038	0.0293	32.417	56.725	9.053
5	0.6802	-0.6885	0.4346	3.1027	0.1029	0.5724	-0.1228	-0.0017	0.2561	-0.1258	-0.0039	-0.3082	-0.1564	0.2564	0.1266	-0.1267	-0.0801	-0.0381	-0.0041	0.0166	0.1576	79.48	82.798	29.072
6	1.9875	-0.1723	0.1955	0.6253	-0.2564	0.3889	0.0356	0.0774	-0.1256	0.0055	-0.0337	-0.0433	0.0313	0.0579	-0.002	-0.1038	0.0031	-0.0064	-0.0329	-0.0089	0.0389	71.221	58.371	26.977
7	2.3887	0.8825	1.1951	0.9027	0.324	1.0753	-0.1892	-0.0001	0.5156	0.1979	0.0444	0.0494	-0.1994	-0.0121	0.1448	-0.0563	0.0359	-0.0898	-0.1668	-0.0526	0.2167	55.779	95.879	31.494
8	1.7046	0.1234	-0.4503	0.5857	0.022	0.7695	-0.0088	0.0112	0.1731	-0.017	-0.0012	0.073	-0.0393	-0.0967	0.0101	-0.1089	-0.0119	-0.0006	-0.0384	-0.0027	0.0652	39.581	76.808	23.174
9	4.2214	-1.0013	1.9889	1.5973	1.5217	6.4137	0.2265	-0.1308	-0.6301	0.1472	0.3009	0.1455	0.0591	-0.0564	-0.5274	-0.1075	0.0184	-0.0884	-0.197	0.0499	0.103	36.858	33.917	16.031
10	5.7818	0.4147	2.7747	3.2968	-1.91	2.693	0.7175	0.0511	-0.6274	-0.3212	-0.2832	0.0505	0.4734	-0.1388	-0.4342	-0.0121	-0.0511	-0.0936	-0.1162	-0.0636	0.1604	36.943	33.945	16.068
11	1.3786	1.1203	1.4241	3.7802	-1.2367	3.4683	-0.2098	-0.1294	0.2523	0.1054	0.244	-0.1135	-0.1048	0.4462	-0.0341	-0.1192	-0.076	-0.0362	-0.0579	-0.0238	0.0803	62.936	81.091	28.086
12	5.001	-1.2404	-0.8044	2.8365	1.5408	0.8408	-0.0553	0.1321	0.3571	-0.0021	-0.0475	-0.0459	0.0656	-0.281	0.1029	-0.0063	0.064	0.0281	-0.0335	0.0092	0.0667	62.851	81.031	28.132

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 145
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	155 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	4 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	155 - 305
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	4 - 145
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	155 - 304
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	4 - 145
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	155 - 304
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	-4 - 4
10	X-RAY DIFFRACTION	10	F	-4 - 4
11	X-RAY DIFFRACTION	11	G	-4 - 4
12	X-RAY DIFFRACTION	12	H	-4 - 4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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