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万見
- PDB-2fpe: Conserved dimerization of the ib1 src-homology 3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fpe
タイトルConserved dimerization of the ib1 src-homology 3 domain
要素C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / SRC-HOMOLOGY 3 (SH3) DOMAIN / ALL BETA STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of JUN kinase activity / MAP-kinase scaffold activity / negative regulation of JNK cascade / JUN kinase binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / dendritic growth cone / kinesin binding ...dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of JUN kinase activity / MAP-kinase scaffold activity / negative regulation of JNK cascade / JUN kinase binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / dendritic growth cone / kinesin binding / regulation of JNK cascade / axonal growth cone / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / vesicle-mediated transport / JNK cascade / mitochondrial membrane / positive regulation of JNK cascade / neuron projection / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
JIP1, SH3 domain / : / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains ...JIP1, SH3 domain / : / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SULFUR DIOXIDE / C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Guenat, S. / Dar, I. / Bonny, C. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M. / Kristensen, O.
引用
#1: ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: A cytoplasmic inhibitor of the JNK signal transduction pathway
著者: Dickens, M. / Rogers, J.S. / Cavanagh, J. / Raitano, A. / Xia, Z. / Halpern, J.R. / Greenberg, M.E. / Sawyers, C.L. / Davis, R.J.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: IB1, a JIP-1-related nuclear protein present in insulin-secreting cells
著者: Bonny, C. / Nicod, P. / Waeber, G.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Recruitment of JNK to JIP1 and JNK-dependent JIP1 phosphorylation regulates JNK module dynamics and activation
著者: Nihalani, D. / Wong, H.N. / Holzman, L.B.
#4: ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 1999
タイトル: The JIP group of mitogen-activated protein kinase scaffold proteins
著者: Yasuda, J. / Whitmarsh, A.J. / Cavanagh, J. / Sharma, M. / Davis, R.J.
履歴
登録2006年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
B: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
C: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
D: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
E: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
F: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
G: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
H: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,71119
ポリマ－59,1288
非ポリマー1,58311
水10,755597
1
A: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
B: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3536
ポリマ－14,7822
非ポリマー5714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area7380 Å2
手法PISA
2
C: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
D: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1604
ポリマ－14,7822
非ポリマー3782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area7250 Å2
手法PISA
3
E: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
F: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0385
ポリマ－14,7822
非ポリマー2563
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area6520 Å2
手法PISA
4
G: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
H: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1604
ポリマ－14,7822
非ポリマー3782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area6970 Å2
手法PISA
5
A: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
B: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
E: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
F: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子

A: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
B: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
E: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
F: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子

C: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
D: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
G: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
H: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子

C: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
D: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
G: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
H: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,42338
ポリマ－118,25616
非ポリマー3,16722
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area29020 Å2
ΔGint-284 kcal/mol
Surface area44360 Å2
手法PISA
6
A: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
B: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
E: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
F: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子

A: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
B: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
E: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
F: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子

C: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
D: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
G: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
H: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子

C: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
D: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
G: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
H: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,42338
ポリマ－118,25616
非ポリマー3,16722
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation3_646-x+3/2,y-1/2,-z+11
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area28140 Å2
ΔGint-277 kcal/mol
Surface area44910 Å2
手法PISA
7
A: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
B: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
E: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
F: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子

C: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
D: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
G: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
H: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,71119
ポリマ－59,1288
非ポリマー1,58311
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area13660 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area22870 Å2
手法PISA
8
A: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
B: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子

G: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
H: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子

E: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
F: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子

C: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
D: C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,71119
ポリマ－59,1288
非ポリマー1,58311
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+3/2,y+1/2,-z+11
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area11100 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area25430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.594, 81.591, 89.733
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-805-

SO2

-
要素

#1: タンパク質
C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1 / JNK-interacting protein 1 / JIP-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Islet-brain-1 / IB-1 / ...JNK-interacting protein 1 / JIP-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Islet-brain-1 / IB-1 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 1 / JIP-1-related protein / JRP


分子量: 7390.998 Da / 分子数: 8 / 断片: SH3 DOMAIN, RESIDUES 1-60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mapk8ip1, Ib1, Jip1 / プラスミド: PGEX 4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q9R237
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO2 / SULFUR DIOXIDE / 二酸化硫黄


分子量: 64.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: AMMONIUM SULFATE, BICINE, PEG 400, pH 9.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.811
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 99813 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.324 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータ削減
CNS精密化
CCP4(SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FPD

2fpd


解像度: 1.75→19.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1129777.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ANOMALOUS DATA WAS USED IN THE REFINEMENT. THE FRIEDEL PAIRS WEW USED FOR PHASING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 2056 2.1 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.204 99813 92.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.62 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.76 Å20 Å20 Å2
2--11.77 Å20 Å2
3----8.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4187 0 95 597 4879
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.182.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 268 1.8 %
Rwork0.292 14455 -
obs--81.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2SO4_XPLOR_PARAM.TXTSO4_XPLOR_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION415P.PARAM15P.TOP
X-RAY DIFFRACTION5SO2.PARAMSO2.TOP

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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