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- PDB-2fme: Crystal structure of the mitotic kinesin eg5 (ksp) in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fme
タイトルCrystal structure of the mitotic kinesin eg5 (ksp) in complex with mg-adp and (r)-4-(3-hydroxyphenyl)-n,n,7,8-tetramethyl-3,4-dihydroisoquinoline-2(1h)-carboxamide
要素Kinesin-like protein KIF11
キーワードCELL CYCLE / Eg5 KSP Mg-ADP Complex Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / Kinesins / mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / spindle organization / kinesin complex / microtubule-based movement ...spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / Kinesins / mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / spindle organization / kinesin complex / microtubule-based movement / mitotic spindle assembly / MHC class II antigen presentation / mitotic spindle organization / mitotic spindle / spindle pole / spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / cell division / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. ...Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3QC / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin-like protein KIF11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006
タイトル: Inhibitors of human mitotic kinesin Eg5: Characterization of the 4-phenyl-tetrahydroisoquinoline lead series
著者: Tarby, C.M. / Kaltenbach III, R.F. / Huynh, T. / Pudzianowski, A. / Shen, H. / Ortega-Nanos, M. / Sheriff, S. / Newitt, J.A. / McDonnell, P.A. / Burford, N. / Fairchild, C.R. / Vaccaro, W. / ...著者: Tarby, C.M. / Kaltenbach III, R.F. / Huynh, T. / Pudzianowski, A. / Shen, H. / Ortega-Nanos, M. / Sheriff, S. / Newitt, J.A. / McDonnell, P.A. / Burford, N. / Fairchild, C.R. / Vaccaro, W. / Chen, Z. / Borzilleri, R.M. / Naglich, J. / Lombardo, L.J. / Gottardis, M. / Trainor, G.L. / Roussell, D.L.
履歴
登録2006年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF11
B: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6638
ポリマ－82,1112
非ポリマー1,5526
水3,207178
1
A: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8324
ポリマ－41,0561
非ポリマー7763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8324
ポリマ－41,0561
非ポリマー7763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)159.800, 80.000, 69.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-466-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF11 / Kinesin-related motor protein Eg5 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Thyroid receptor ...Kinesin-related motor protein Eg5 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Thyroid receptor interacting protein 5 / TRIP5 / Kinesin-like protein 1


分子量: 41055.582 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinesin-motor domain (RESIDUES 1-368) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF11, EG5, KNSL1 / プラスミド: pET28N / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52732
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-3QC / (4R)-4-(3-HYDROXYPHENYL)-N,N,7,8-TETRAMETHYL-3,4-DIHYDROISOQUINOLINE-2(1H)-CARBOXAMIDE


分子量: 324.417 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N2O2
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7.8
詳細: 1:1 reservoir: 0.1 M NaHEPES pH 7.8, 0.2 M MgCl2, 23% PEG-3350; protein: 25 mg/ml (610 uM) in 25 mM PIPES pH 6.8, 200 mM NaCl, 2 mM DTT, 5 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 2.5 mM ADP, 0.75% DMSO, uM (R)- ...詳細: 1:1 reservoir: 0.1 M NaHEPES pH 7.8, 0.2 M MgCl2, 23% PEG-3350; protein: 25 mg/ml (610 uM) in 25 mM PIPES pH 6.8, 200 mM NaCl, 2 mM DTT, 5 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 2.5 mM ADP, 0.75% DMSO, uM (R)-4-(3-HYDROXYPHENYL)-N,N,7,8-TETRAMETHYL-3,4-DIHYDROISOQUINOLINE-2(1H)-CARBOXAMIDE, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, pH 7.80

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月9日 / 詳細: MICROMAX CONFOCAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 47360 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 71.7

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位相決定

Phasing MRRfactor: 43.8 / Cor.coef. Fo:Fc: 46.6 / Cor.coef. Io to Ic: 51.2
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å10 Å
Translation4 Å10 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 47350
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
9.79-10027.10.768505
7.42-9.7930.80.882659
6.22-7.4237.20.824815
5.46-6.2233.10.863961
4.92-5.46250.8921040
4.52-4.9222.30.9171159
4.2-4.5222.50.9181227
3.94-4.223.40.8891336
3.72-3.9420.40.911379
3.54-3.7219.40.911473
3.38-3.5421.90.9051539
3.24-3.3823.20.8971605
3.12-3.2423.20.8781653
3-3.1225.70.8551718
2.91-326.10.8351773
2.81-2.9126.40.8411813
2.73-2.8126.70.8361897
2.66-2.7326.30.8411931
2.59-2.6626.10.851988
2.52-2.59250.8552001
2.46-2.5225.90.8432085
2.41-2.4626.10.8512087
2.36-2.4124.60.8452149
2.31-2.3623.60.8422224
2.26-2.3122.80.8572221
2.22-2.2624.30.8492254
2.18-2.22260.8462309
2.14-2.1828.10.8481961
2.1-2.1433.20.8061588

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
直接法位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
CNX2002精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: INTERNAL MODEL OF EG5/LIGAND COMPLEX

解像度: 2.1→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 2140759 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: Due to a feature in the refinement program, the structure was refined with an OXT on a residue that is not the terminal residue of the sequence. The OXT was changed to N of the next residue ...詳細: Due to a feature in the refinement program, the structure was refined with an OXT on a residue that is not the terminal residue of the sequence. The OXT was changed to N of the next residue by the wwPDB annotation staff.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 944 2 %RANDOM
Rwork0.28 ---
obs-47350 93.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET / Bsol: 280 Å2 / ksol: 0.9 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.75 Å20 Å2-1.7 Å2
2---6.62 Å20 Å2
3---3.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5000 0 104 178 5282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.432.5
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev Biso : 2 Å2 / Rms dev position: 0.036 Å / Weight Biso : 2 / Weight position: 300

Ens-IDDom-IDNCS model details
11RESTRAINTS
22
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 73 1.6 %
Rwork0.283 4572 -
obs--73.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ADP.PARADP.TOP
X-RAY DIFFRACTION53QC.PAR3QC.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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