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- PDB-2fl1: Crystal structure of red fluorescent protein from Zoanthus, zRFP5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fl1
タイトルCrystal structure of red fluorescent protein from Zoanthus, zRFP574, at 2.4A resolution
要素Red fluorescent protein zoanRFP
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Red fluorescent protein / button polyp / Zoanthus sp. / chromophore / beta-can fold / beta barrel / tightly packed tetramer / intersubunit interface / fluorescent marker / emission maximum 574nm / zRFP574
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Red fluorescent protein zoanRFP
機能・相同性情報
生物種Zoanthus sp. (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pletnev, V. / Pletneva, N. / Martynov, V. / Tikhonova, T. / Popov, B. / Pletnev, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structure of a red fluorescent protein from Zoanthus, zRFP574, reveals a novel chromophore
著者: Pletneva, N. / Pletnev, S. / Tikhonova, T. / Popov, V. / Martynov, V. / Pletnev, V.
履歴
登録2006年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
Remark 999SEQUENCE Chromophore (XYG 66) is formed autocatalytically from Asp-Tyr-Gly (according to nucleotide ...SEQUENCE Chromophore (XYG 66) is formed autocatalytically from Asp-Tyr-Gly (according to nucleotide sequence) after decarboxylation of Asp and other deprotonation processes.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Red fluorescent protein zoanRFP
B: Red fluorescent protein zoanRFP
C: Red fluorescent protein zoanRFP
D: Red fluorescent protein zoanRFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,77113
ポリマ－103,9064
非ポリマー8659
水7,422412
1
A: Red fluorescent protein zoanRFP
D: Red fluorescent protein zoanRFP
ヘテロ分子

A: Red fluorescent protein zoanRFP
D: Red fluorescent protein zoanRFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,67412
ポリマ－103,9064
非ポリマー7698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
2
B: Red fluorescent protein zoanRFP
C: Red fluorescent protein zoanRFP
ヘテロ分子

B: Red fluorescent protein zoanRFP
C: Red fluorescent protein zoanRFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,86714
ポリマ－103,9064
非ポリマー96110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)114.927, 146.799, 122.885
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細Two dimers in assymetric unit. The tightly packed tetramers generated by crystallographic symmetry operations (-x-1, y, -z-1/2) and (-z, y, -z-1/2) .

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要素

#1: タンパク質
Red fluorescent protein zoanRFP


分子量: 25976.486 Da / 分子数: 4 / 変異: K5A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoanthus sp. (無脊椎動物) / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109DE3 / 参照: UniProt: Q8T4U4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 1.5M ammonium sulphate, 0.2M K/Na Tartrate, 0.1M Na Citrate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月25日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 40898 / Num. obs: 40878 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4051 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1XA9

1xa9


解像度: 2.4→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: Rfree throughout / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Cross validated maximum likelihood, simulated annealing refinement
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.249 2048 random 5% reflections
Rwork0.203 --
all-40898 -
obs-40878 -
原子変位パラメータBiso mean: 28.8 Å2
Refine analyze
ObsFree
Luzzati d res low5 Å-
Luzzati sigma a0.27 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7296 0 45 412 7753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.54
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.73
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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