PDB-2fki: NMR Structure of Protein yjbR from Escherichia coli; Northeast St...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fki

タイトル

NMR Structure of Protein yjbR from Escherichia coli; Northeast Structural Genomics Consortium Target ER226

要素

Protein yjbR

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NESG / ER226 / GFT-NMR / ALPHA-BETA / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #30 / Uncharacterised protein YjbR / YjbR-like superfamily / YjbR / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / Uncharacterized protein YjbR

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing, molecular dynamics torsion angle dynamics

データ登録者

Singarapu, K.K. / Liu, G. / Xiao, R. / Shetty, K.G. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: NMR structure of protein yjbR from Escherichia coli reveals 'double-wing' DNA binding motif.
著者: Singarapu, K.K. / Liu, G. / Xiao, R. / Bertonati, C. / Honig, B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.

履歴

登録	2006年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fki.cif.gz	741.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fki.ent.gz	619.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fki.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/2fki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/2fki	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1qx2-3 3obs-d 4ipu-2 3c1r-d 6z31-1 3ku7-d 6o56-2 6wy6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ER226

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein yjbR

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Protein yjbR 分子量: 14607.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yjbR / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMGK / 参照: UniProt: P0AF50

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	[4,3]D GFT, HNNCABCA
1	2	1	[4,3]D GFT, CABCA(CO)NHN
1	3	1	[4,3]D GFT ali-(H)CCH
1	4	1	[4,3]D GFT aro-(H)CCH
1	5	1	[4,3]D GFT, HABCAB(CO)NHN
1	6	1	SIMULTANEOUS HETERONUCLEAR RESOLVED [1H, 1H]-NOESY

-
試料調製

詳細	内容: U-15N, 13C; 0.02% NaN3, 10mM DTT, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM MES, pH 6.5, 5% D2O, 95% H2O. 溶媒系: 5% D2O, 95% H2O.
試料状態	イオン強度: 100 mM / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	750	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2.5	Bax, A., Delaglio, F.	解析
XEASY	1.3.13	Wuthrich, K., et al	データ解析
DYANA	1.5	Guntert, P., Wuthrich, K.	データ解析
CYANA	2.1	Guntert, P., et al	精密化
AutoStructure	2.0.0	Montelione, G.T., et al	データ解析
CNS	1.1	Brunger, A.T. et al	精密化

精密化

手法: distance geometry simulated annealing, molecular dynamics torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 2100 restraints.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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