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万見
- PDB-2fj6: Solution NMR structure of the UPF0346 protein yozE from Bacillus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fj6
タイトルSolution NMR structure of the UPF0346 protein yozE from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics target SR391.
要素Hypothetical UPF0346 protein yozE
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / SR391 / AutoStructure / Northeast Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Protein of unknown function UPF0346 / YozE SAM-like / YozE SAM-like domain / YozE SAM-like superfamily / YozE SAM-like fold / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / UPF0346 protein YozE
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / Noesy assignments using AutoStructure, dyana, xplor for simulated annealing with a total of 1096 NOE distances. An average of 16.6 constraints, restrained res, 3.7 of which long range. 208 dihedral angle constraints, 42 h-bond constraints.
データ登録者Rossi, P. / Acton, T.B. / Cunningham, K.E. / Ma, L.C. / Shetty, K. / Swapna, G.V.T. / Xiao, R. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of the UPF0346 protein yozE from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics target SR391.
著者: Rossi, P. / Acton, T.B. / Cunningham, K.E. / Ma, L.C. / Shetty, K. / Swapna, G.V.T. / Xiao, R. / Montelione, G.T.
履歴
登録2005年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical UPF0346 protein yozE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9961
ポリマ－9,9961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 56structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical UPF0346 protein yozE


分子量: 9995.864 Da / 分子数: 1 / 断片: protein yozE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yozE / プラスミド: SR391-21.1-ss / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21MGK / 参照: UniProt: O31864

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
132HNCA-J
142HiRes-CH HSQC for stereospec. VL Methyl assign.
151HN(CA)CB, HN(CO)CACB, HNCO,HNCA
161CC(CO)NH TOCSY, (H)CCH-COSY
171(HA)CA(CO)NH single transfer
NMR実験の詳細Text: Automated backbone assignement using AutoAssign, manual sidechain assignment. Completeness: 95.3% BB, 88.2% SC, and 100% stereospecific Methyl assignments. Dihe. constr. determined with Talos ...Text: Automated backbone assignement using AutoAssign, manual sidechain assignment. Completeness: 95.3% BB, 88.2% SC, and 100% stereospecific Methyl assignments. Dihe. constr. determined with Talos and Hyper. RPF scores for NOE data consistency: Recall=0.932, Precision=0.874, F-measure=0.902 final DP score=0.738. RMSD ordered residues: 0.5 all BB, 1.0 all heavy atoms. Raw Procheck: psi-phi=0.1, all=-0.2, MolProbity 16.16. N-term tag included.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5mM U-13C,15N SR391, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM NH4OAc, 10mM DTT, 0.02% NaN35% D2O, 95% H2O
21.35mM 5%-13C,U-15N SR391, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM NH4OAc, 10mM DTT, 0.02% NaN35% D2O, 95% H2O
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 5.5 / 圧: atmospheric atm / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1cVarian Inc.collection
xplor-nih2.0.6Clore et. al.精密化
NMRPipe2.5Delaglio et. al.解析
Sparky2.11Goddard, Knellerデータ解析
AutoStructure2.1.1Huang, Montelione構造決定
AutoAssign1.17Zimmerman, Moseley, Montelioneデータ解析
精密化手法: Noesy assignments using AutoStructure, dyana, xplor for simulated annealing with a total of 1096 NOE distances. An average of 16.6 constraints, restrained res, 3.7 of which long range. 208 ...手法: Noesy assignments using AutoStructure, dyana, xplor for simulated annealing with a total of 1096 NOE distances. An average of 16.6 constraints, restrained res, 3.7 of which long range. 208 dihedral angle constraints, 42 h-bond constraints.
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 56 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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