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- PDB-2fiy: The crystal structure of the FdhE protein from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fiy
タイトルThe crystal structure of the FdhE protein from Pseudomonas aeruginosa
要素Protein fdhE homolog
キーワードStructural genomics / unknown function / FdhE protein / Pseudomonas aeruginosa / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


ferric iron binding / protein maturation / cytosol
類似検索 - 分子機能
FdhE-like fold / FdhE-like domain / Formate dehydrogenase accessory protein / FdhE-like superfamily / : / : / : / FdhE, N-terminal / FdhE, central domain / FdhE, C-terminal domain ...FdhE-like fold / FdhE-like domain / Formate dehydrogenase accessory protein / FdhE-like superfamily / : / : / : / FdhE, N-terminal / FdhE, central domain / FdhE, C-terminal domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein FdhE homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhang, R. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the FdhE protein from Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Zhang, R. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2005年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein fdhE homolog
B: Protein fdhE homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0837
ポリマ－67,8042
非ポリマー2795
水6,648369
1
A: Protein fdhE homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0143
ポリマ－33,9021
非ポリマー1122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein fdhE homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0694
ポリマ－33,9021
非ポリマー1683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.261, 96.617, 140.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 Protein fdhE homolog


分子量: 33901.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: fdhE GI:9951077 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HV00
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.05M (NH4)2SO4, 0.1M Tris pH8.5, 25% P 5K MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→97 Å / Num. all: 35740 / Num. obs: 35601 / % possible obs: 99.61 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 33.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2714 / % possible all: 96.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→96.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 9.745 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.189
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24264 1890 5 %RANDOM
Rwork0.19665 ---
obs0.19902 35601 99.61 %-
all-35740 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.994 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.038 Å0.032 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.031 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→96.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4364 0 5 369 4738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0214470
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.9886072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8839643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6045558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56122.667195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.75815710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2191542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02905
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.24176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.22073
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22634
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.240.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9311.53620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1251.51135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05124452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.46731912
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1284.51620
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 128 -
Rwork0.208 2497 -
obs--96.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5549-0.0422-0.14172.49710.16551.72310.09610.05380.1357-0.015-0.0233-0.228-0.2212-0.0217-0.07280.06240.01520.0489-0.12970.0306-0.119311.20596.42651.631
22.30790.4225-0.23933.10530.41542.8972-0.03530.0295-0.23510.17030.0320.1140.06570.06810.00330.07850.0408-0.0357-0.18080.0047-0.191315.67247.48652.93
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 78
2X-RAY DIFFRACTION1A79 - 180
3X-RAY DIFFRACTION1A181 - 250
4X-RAY DIFFRACTION1A251 - 307
5X-RAY DIFFRACTION2B18 - 78
6X-RAY DIFFRACTION2B79 - 182
7X-RAY DIFFRACTION2B183 - 250
8X-RAY DIFFRACTION2B251 - 308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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