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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fiu | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Conserved Protein of Unknown Function ATU0297 from Agrobacterium tumefaciens | ||||||
要素 | conserved hypothetical protein | ||||||
キーワード | Structural Genomics / Unknown function / alpha-beta / dimeric alpha-beta barrels / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | Domain of unknown function DUF1330 / Domain of unknown function (DUF1330) / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : / DUF1330 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the Conserved Hypothetical Protein Atu0297 from Agrobacterium tumefaciens 著者: Kim, Y. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fiu.cif.gz | 50 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fiu.ent.gz | 40 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fiu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2fiu_validation.pdf.gz | 424 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2fiu_full_validation.pdf.gz | 425 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2fiu_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2fiu_validation.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/2fiu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/2fiu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11097.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: GenBank: 17738630, UniProt: A9CKF1*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.8 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.1 M Tris pH 6.6, 0.2 M Magnessium Nitrate, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月19日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 15406 / Num. obs: 14348 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.9 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.922 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / % possible all: 46.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→29.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 10.416 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.117 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
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