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万見
- PDB-2fh0: NMR Ensemble of The Yeast Saccharomyces cerevisiae protein Ymr074... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fh0
タイトルNMR Ensemble of The Yeast Saccharomyces cerevisiae protein Ymr074cp core region
要素Hypothetical 16.0 kDa protein in ABF2-CHL12 intergenic region
キーワードUNKNOWN FUNCTION / NMR Ensemble / Ymr074cp
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PDCD5, DNA-binding domain / PDCD5-like / PDCD5-like superfamily / Double-stranded DNA-binding domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein YMR074C
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / with refinement program
データ登録者Hong, J.J. / Zhang, J.H. / Wu, J.H. / Shi, Y.Y.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of Saccharomyces cerevisiae Protein Ymr074cp
著者: Hong, J.J. / Zhang, J.H. / Wu, J.H. / Shi, Y.Y.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural proteomics of an archaeon
著者: Christendat, D. / Yee, A. / Dharamsi, A. / Kluger, Y. / Savchenko, A. / Cort, J.R. / Booth, V. / Mackereth, C.D. / Saridakis, V. / Ekiel, I. / Kozlov, G. / Maxwell, K.L. / Wu, N. / McIntosh, ...著者: Christendat, D. / Yee, A. / Dharamsi, A. / Kluger, Y. / Savchenko, A. / Cort, J.R. / Booth, V. / Mackereth, C.D. / Saridakis, V. / Ekiel, I. / Kozlov, G. / Maxwell, K.L. / Wu, N. / McIntosh, L.P. / Gehring, K. / Kennedy, M.A. / Davidson, A.R. / Pai, E.F. / Gerstein, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2005年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical 16.0 kDa protein in ABF2-CHL12 intergenic region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8971
ポリマ－8,8971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the lowset energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical 16.0 kDa protein in ABF2-CHL12 intergenic region / Hypothetical Protein Ymr074cp


分子量: 8897.097 Da / 分子数: 1 / 断片: Ymr074cp core region / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: YMR074C / プラスミド: pET-22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04773

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13mM 13C, 15N-bilabeled protein, 20mM phosphate buffer(pH6.0), 50mM NaCl, 1mM EDTA90% H2O and 10% D2O (V/V)
23mM 13C, 15N-bilabeled protein, 20mM phosphate buffer(pH6.0), 50mM NaCl, 1mM EDTA100% D2O
試料状態pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, A.T.構造決定
NMRPipe2.2Delaglio, F.解析
CNS1.1Brunger, A.T.精密化
精密化手法: with refinement program / ソフトェア番号: 1
詳細: 20 lowest structures out of 300 calculated structures were selected for the refinement of the deposited structures
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowset energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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