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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fgg | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Rv2632c | ||||||
![]() | Hypothetical protein Rv2632c/MT2708 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Rv2632c / TB target / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | Rv1738 / Rv2632c-like / Rv2632c-like superfamily / Rv2632c-like / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein MT2708 / Uncharacterized protein Rv2632c![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yu, M. / Bursey, E.H. / Radhakannan, T. / Segelke, B.W. / Lekin, T. / Toppani, D. / Kim, C.Y. / Kaviratne, T. / Woodruff, T. / Terwilliger, T.C. ...Yu, M. / Bursey, E.H. / Radhakannan, T. / Segelke, B.W. / Lekin, T. / Toppani, D. / Kim, C.Y. / Kaviratne, T. / Woodruff, T. / Terwilliger, T.C. / Hung, L.W. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Rv2632c 著者: Yu, M. / Bursey, E.H. / Radhakannan, T. / Segelke, B.W. / Lekin, T. / Toppani, D. / Kim, C.Y. / Kaviratne, T. / Woodruff, T. / Terwilliger, T.C. / Hung, L.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 25.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 19.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11263.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Sodium Cacodylate, 11.5% Isopropanol, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月9日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979259 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 4800 / % possible obs: 72.4 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 43.2 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.3 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Mean I/σ(I) obs: 43.2 / Num. unique all: 326 / Rsym value: 0.531 / % possible all: 94.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.993 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.305→2.364 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.0461 Å / Origin y: 14.4706 Å / Origin z: 12.5285 Å
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