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- PDB-2fdo: Crystal Structure of the Conserved Protein of Unknown Function AF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fdo
タイトルCrystal Structure of the Conserved Protein of Unknown Function AF2331 from Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 Reveals a New Type of Alpha/Beta Fold
要素Hypothetical protein AF2331
キーワードStructural genomics / unknown function / X-ray Crystallography / Multiwavelength anomalous dispersion / Conserved hypothetical protein / Archaeoglobus fulgidus / New type of alpha/beta fold / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性AF2331-like fold / AF2331-like / AF2331-like domain / AF2331-like superfamily / AF2331-like protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein AF_2331
機能・相同性情報
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang, S. / Kirillova, O. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M.T. / Skarina, T. / Gorodichtchenskaia, E. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: The crystal structure of the AF2331 protein from Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 forms an unusual interdigitated dimer with a new type of alpha + beta fold.
著者: Wang, S. / Kirillova, O. / Chruszcz, M. / Gront, D. / Zimmerman, M.D. / Cymborowski, M.T. / Shumilin, I.A. / Skarina, T. / Gorodichtchenskaia, E. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Minor, W.
履歴
登録2005年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Hypothetical protein AF2331
A: Hypothetical protein AF2331


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8292
ポリマ－21,8292
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7430 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area9360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.205, 48.873, 86.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 92 / Label seq-ID: 3 - 94

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AB
2BA
詳細the biological unit is the dimer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein AF2331


分子量: 10914.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: af2331 / プラスミド: P11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD (DE3) / 参照: UniProt: O27953
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 45% MPD, 0.2 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97902, 0.97919
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979021
20.979191
反射解像度: 2.4→19.96 Å / Num. all: 7822 / Num. obs: 7822 / % possible obs: 97.97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 33.904
反射 シェル解像度: 2.4→2.459 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 463 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 89.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
Cootモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 19.022 / SU ML: 0.213 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.468 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25253 367 4.7 %RANDOM
Rwork0.19883 ---
all0.20127 7773 --
obs0.20127 7773 97.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.484 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3---0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1429 0 0 27 1456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221459
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7381.9541968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.475184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.00224.68864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.18415237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.36153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21030
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.245
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0860.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4071.5954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62721480
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.13569
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.264.5488
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 679 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.510.5
medium thermal1.092
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.459 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 34 -
Rwork0.25 463 -
obs-463 89.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0614-1.507-2.35155.12213.41894.2810.181-0.29150.17720.08190.1836-0.3984-0.24920.3858-0.3645-0.1904-0.01860.0084-0.1622-0.0207-0.332436.78522.45355.412
22.7651-0.2253-1.67592.66181.34764.18230.08940.0305-0.06780.04440.00780.0479-0.0172-0.0699-0.0972-0.23510.01560.0344-0.2475-0.0239-0.298932.0816.32351.845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AB1 - 923 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2BA1 - 923 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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