PDB-2fcq: X-ray Crystal Structure of a Chemically Synthesized Ubiquitin wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fcq

タイトル

X-ray Crystal Structure of a Chemically Synthesized Ubiquitin with a Cubic Space Group

要素

Ubiquitin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / ubiquitin

機能・相同性

機能・相同性情報

Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Bang, D. / Gribenko, A.V. / Tereshko, V. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B. / Makhatadze, G.I.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2006
タイトル: Dissecting the energetics of protein alpha-helix C-cap termination through chemical protein synthesis.
著者: Bang, D. / Gribenko, A.V. / Tereshko, V. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B. / Makhatadze, G.I.

履歴

登録	2005年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fcq.cif.gz	39.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fcq.ent.gz	27.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fcq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/2fcq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/2fcq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fcmC 2fcnC 2fcsC 1yiwS 1yj1 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5go8-2 1yj1-2 5go7-2 5dk8-2 4gsw-2 3ehv-2 5nl5-1 4k7s-3 5af5-d 4gsw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin

B: Ubiquitin

ヘテロ分子

17.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
9.01 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ubiquitin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
8.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.059, 105.059, 105.059
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	212
Space group name H-M	P4₃32

#1: タンパク質	Ubiquitin 分子量: 8558.793 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-76 / 変異: M1L / 由来タイプ: 合成詳細: The protein was chemically synthesized. The sequence of the protein can be naturally found in Homo sapiens (Human) 参照: GenBank: 15928840, UniProt: Q9PST8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75 詳細: by mixing 2 ul of ubiquitin solution (20 mg/ml) and 0.5 ul of crystallization buffer solution. The crystallization buffer was prepared by mixing 3ml of HEPES buffer (0.1M), 3ml of ...詳細: by mixing 2 ul of ubiquitin solution (20 mg/ml) and 0.5 ul of crystallization buffer solution. The crystallization buffer was prepared by mixing 3ml of HEPES buffer (0.1M), 3ml of poly(ethylene glycol) 3350 (25%, w/v), and 0.2ml of 1M cadmium acetate, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.41 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: by mixing 2 ul of ubiquitin solution (20 mg/ml) and 0.5 ul of crystallization buffer solution. The crystallization buffer was prepared by mixing 3ml of HEPES buffer (0.1M), 3ml of ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月23日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 3300 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.9999	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1YIW, CHAIN B

1yiw

解像度: 3.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 62.771 / SU ML: 0.458 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.624 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28563	293	9 %	RANDOM
R_work	0.24149	-	-	-
all	0.25	-	-	-
obs	0.24617	2958	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1164	0	7	0	1171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.313	1.923	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.715	2.109	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.63	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.629	26.154	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.007	15	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.22	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	194
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	588
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.257	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.268	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.221	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.188	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0	1.5	971
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	1.5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0	2	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0	3	515
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0	4.5	398
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.301→3.384 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.456	19
R_work	0.333	208

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.6065	3.6155	-2.2458	13.8503	-0.3576	4.2162	0.6578	-0.4393	0.9213	0.7068	-0.3966	0.1404	-0.8834	-0.0457	-0.2612	0.0089	0.03	0.098	-0.2686	0.0003	-0.3818	24.8657	38.6469	-17.3587
2	14.7105	6.274	5.5483	5.2611	2.5356	13.0674	0.6636	-0.7155	-1.5689	0.1006	-0.1256	0.4115	0.8681	-0.7744	-0.538	-0.144	-0.1604	-0.1685	-0.2358	0.2193	-0.0382	37.0048	46.9206	3.5538

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 73	1 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C - F	100 - 400	1
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 73	1 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	G - I	600 - 800	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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