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- PDB-2fcj: Structure of small TOPRIM domain protein from Bacillus stearother... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fcj
タイトルStructure of small TOPRIM domain protein from Bacillus stearothermophilus.
要素small TOPRIM domain protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / TOPRIM domain / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease M5 activity / rRNA processing / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease M5-like, TOPRIM domain / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hypothetical conserved protein
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Rezacova, P. / Chen, Y. / Borek, D. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Otwinowski, Z. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure and putative function of small Toprim domain-containing protein from Bacillus stearothermophilus.
著者: Rezacova, P. / Borek, D. / Moy, S.F. / Joachimiak, A. / Otwinowski, Z.
履歴
登録2005年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Database references
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THERE WAS NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE AT THE TIME OF PROCESSING.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: small TOPRIM domain protein
B: small TOPRIM domain protein
C: small TOPRIM domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7288
ポリマ－41,1563
非ポリマー5725
水7,080393
1
A: small TOPRIM domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7191
ポリマ－13,7191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: small TOPRIM domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9033
ポリマ－13,7191
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: small TOPRIM domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1064
ポリマ－13,7191
非ポリマー3873
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: small TOPRIM domain protein
ヘテロ分子

C: small TOPRIM domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0097
ポリマ－27,4372
非ポリマー5725
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.617, 72.720, 116.299
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 3 - 113 / Label seq-ID: 3 - 113

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

-
要素

#1: タンパク質 small TOPRIM domain protein


分子量: 13718.728 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: RBSTP2199 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5KVJ9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES pH6.0; 26% PEG3350; 0.2M Ammonium Sulfate; 18% glycerol; protein concentration 3.5mg/ml; micro-seeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 77810 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.7 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 76.8
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3640 / Rsym value: 0.536 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.386 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21399 1538 2 %RANDOM
Rwork0.1919 ---
obs0.19238 75438 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.607 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2792 0 34 393 3219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223001
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1631.984070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1925364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.49722.848158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.16415547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9111541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.31411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.52117
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.5550
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.3105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2670.5104
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.69121850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.34532911
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2921276
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.19831157
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A419medium positional0.460.5
2B419medium positional0.310.5
3C419medium positional0.480.5
1A377loose positional15
2B377loose positional0.975
3C377loose positional1.165
1A419medium thermal2.772
2B419medium thermal1.792
3C419medium thermal2.62
1A377loose thermal3.3410
2B377loose thermal2.5510
3C377loose thermal2.9810
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 95 -
Rwork0.276 5303 -
obs--96.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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