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- PDB-2fbz: Heme-No complex in a bacterial Nitric Oxide Synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fbz
タイトルHeme-No complex in a bacterial Nitric Oxide Synthase
要素Nitric oxide synthase oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Heme-NO complex / Nitric Oxide Synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric-oxide synthase (flavodoxin) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide biosynthetic process / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitric oxide synthase, oxygenase subunit / Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily ...Nitric oxide synthase, oxygenase subunit / Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H2B / N-OMEGA-HYDROXY-L-ARGININE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRIC OXIDE / Nitric oxide synthase oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Pant, K. / Crane, B.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Nitrosyl-heme structures of Bacillus subtilis nitric oxide synthase have implications for understanding substrate oxidation.
著者: Pant, K. / Crane, B.R.
履歴
登録2005年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE RESIDUES GLU 133 AND GLY 136 ARE LINKED TOGETHER. AUTHOR STATES THAT THERE WAS NO ...SEQUENCE RESIDUES GLU 133 AND GLY 136 ARE LINKED TOGETHER. AUTHOR STATES THAT THERE WAS NO COVALENT/PEPTIDE BOND AND ELECTRON DENSITY BETWEEN THESE RESIDUES.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Nitric oxide synthase oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1735
ポリマ－42,0971
非ポリマー1,0764
水5,368298
1
X: Nitric oxide synthase oxygenase
ヘテロ分子

X: Nitric oxide synthase oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,34610
ポリマ－84,1942
非ポリマー2,1528
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.995, 93.503, 62.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質 Nitric oxide synthase oxygenase / NOSoxy-like protein


分子量: 42097.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: nos / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34453

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非ポリマー , 5種, 302分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-H2B / 2-AMINO-6-(1,2-DIHYDROXY-PROPYL)-7,8-DIHYDRO-6H-PTERIDIN-4-ONE / QUINONOID 7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN


分子量: 239.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N5O3
#4: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#5: 化合物 ChemComp-HAR / N-OMEGA-HYDROXY-L-ARGININE / NG-ヒドロキシ-L-アルギニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 190.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N4O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 5-10% PEG8K, NOC-12, Potassium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2510.93
シンクロトロンCHESS F120.92
シンクロトロンCHESS F130.92
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.931
20.921
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 36005 / Num. obs: 35595 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 7.401 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2503 1275 4.8 %RANDOM
Rwork0.23144 ---
obs0.23235 25095 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.754 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.67 Å20 Å20 Å2
2---1.39 Å20 Å2
3---4.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2933 0 75 298 3306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0213092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1361.984208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.5425358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.47123.831154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.51515510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9691522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1840.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022390
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2940.21749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.22083
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2430.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1290.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.5080.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.7060.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8121.51864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.65522900
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.15231455
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1324.51299
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 107 -
Rwork0.305 1880 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.4561 Å / Origin y: 28.1697 Å / Origin z: 7.0967 Å
111213212223313233
T0.1022 Å20.0274 Å20.002 Å2-0.0849 Å2-0.0425 Å2---0.0374 Å2
L0.8072 °2-0.1331 °20.1575 °2-1.1327 °2-0.3899 °2--0.3918 °2
S-0.0181 Å °-0.0575 Å °-0.1237 Å °0.0257 Å °-0.0223 Å °-0.1004 Å °0.0842 Å °0.0635 Å °0.0404 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1XA-3 - 3591 - 363
2X-RAY DIFFRACTION1XB901
3X-RAY DIFFRACTION1XC903
4X-RAY DIFFRACTION1XE909
5X-RAY DIFFRACTION1XF910 - 1210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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