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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fbj | ||||||||||||
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タイトル | REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE GALACTAN-BINDING IMMUNOGLOBULIN FAB J539 AT 1.95-ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||||||||
要素 | (IGA-KAPPA J539 FAB ...) x 2 | ||||||||||||
キーワード | IMMUNOGLOBULIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin production / positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / immunoglobulin complex / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell receptor signaling pathway ...immunoglobulin production / positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / immunoglobulin complex / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / defense response to bacterium / immune response / external side of plasma membrane / innate immune response / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.95 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Bhat, T.N. / Padlan, E.A. / Davies, D.R. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Refined Crystal Structure of the Galactan-Binding Immunoglobulin Fab J539 at 1.95-Angstroms Resolution 著者: Bhat, T.N. / Padlan, E.A. / Davies, D.R. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1986 タイトル: The Galactan-Binding Immunoglobulin Fab J539. An X-Ray Diffraction Study at 2.6-Angstroms Resolution 著者: Suh, S.W. / Bhat, T.N. / Navia, M.A. / Cohen, G.H. / Rao, D.N. / Rudikoff, S. / Davies, D.R. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1979 タイトル: Crystal Structure of Galactan-Binding Mouse Immunoglobulin J539 Fab at 4.5-Angstroms Resolution 著者: Navia, M.A. / Segal, D.M. / Padlan, E.A. / Davies, D.R. / Rao, N. / Rudikoff, S. / Potter, M. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fbj.cif.gz | 106.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fbj.ent.gz | 81.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fbj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2fbj_validation.pdf.gz | 1004.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2fbj_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2fbj_validation.xml.gz | 25.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2fbj_validation.cif.gz | 36 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/2fbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/2fbj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THE DISACCHARIDE, WHOSE FORMULA IS - NAG(1) - NAG(2) IS LINKED TO ASN H 59 THE TRISACCHARIDE, WHOSE FORMULA IS - NAG(3) - NAG(5) | FUC(4) IS LINKED TO ASN H 156 2: RESIDUES PRO L 8, PRO L 93, PRO L 140, PRO H 139 AND PRO H ARE CIS-PROLINES. |
-要素
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#1: 抗体 | 分子量: 23282.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 437099, UniProt: P01679*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 23948.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01810 |
-糖 , 2種, 2分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 2種, 376分子
#5: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 % |
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 1.95 Å / σ(F): 2.5 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.95 Å
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拘束条件 |
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