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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fb5
タイトルStructural Genomics; The crystal structure of the hypothetical membrane spanning protein from Bacillus cereus
要素hypothetical Membrane Spanning Protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


diadenylate cyclase / diadenylate cyclase activity / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised domain YojJ, N-terminal / : / Diadenylate cyclase CdaS, N-terminal / Diadenylate cyclase CdaS / YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / YojJ-like / Diadenylate cyclase / : / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal ...Uncharacterised domain YojJ, N-terminal / : / Diadenylate cyclase CdaS, N-terminal / Diadenylate cyclase CdaS / YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / YojJ-like / Diadenylate cyclase / : / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding / Diadenylate cyclase (DAC) domain profile. / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Diadenylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Zhang, R. / Zhou, M. / Ginell, S. / Abdullah, J. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the hypothetical membrane spanning protein from Bacillus cereus
著者: Zhang, R. / Zhou, M. / Ginell, S. / Abdullah, J. / Collart, F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2005年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical Membrane Spanning Protein
B: hypothetical Membrane Spanning Protein
C: hypothetical Membrane Spanning Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7243
ポリマ－67,7243
非ポリマー00
水15,241846
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: hypothetical Membrane Spanning Protein

A: hypothetical Membrane Spanning Protein

B: hypothetical Membrane Spanning Protein

C: hypothetical Membrane Spanning Protein

C: hypothetical Membrane Spanning Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,8745
ポリマ－112,8745
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation3_544x+1/2,y-1/2,z-11
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
Buried area13340 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area55660 Å2
手法PISA
3
A: hypothetical Membrane Spanning Protein
B: hypothetical Membrane Spanning Protein
C: hypothetical Membrane Spanning Protein

A: hypothetical Membrane Spanning Protein
B: hypothetical Membrane Spanning Protein
C: hypothetical Membrane Spanning Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,4486
ポリマ－135,4486
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)109.614, 109.609, 77.484
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-217-

HOH

21A-395-

HOH

31B-487-

HOH

詳細This protein existed as trimer. The molecules A, B, C represent the trimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 hypothetical Membrane Spanning Protein


分子量: 22574.748 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: GI:29898520 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 30022961, UniProt: Q812L9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 846 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.18M Sodium Malonate, 18% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→77.62 Å / Num. all: 62291 / Num. obs: 61484 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 30.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique all: 7786 / % possible all: 73.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→77.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.966 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.136
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2153 3111 5.1 %RANDOM
Rwork0.18151 ---
obs0.18325 58372 98.7 %-
all-59141 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.915 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.16 Å20 Å23.43 Å2
2---2.25 Å20 Å2
3---0.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.035 Å0.028 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.029 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→77.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4731 0 0 846 5577
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2121.9676528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6755609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.53125.303198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.97215864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3761518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023489
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.22204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.23360
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2653
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1580.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7781.53161
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30324935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10531849
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4144.51593
LS精密化 シェル解像度: 1.994→2.046 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 191 -
Rwork0.201 3886 -
obs--90.54 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.419 Å / Origin y: 103.765 Å / Origin z: 27.804 Å
111213212223313233
T-0.0739 Å2-0.0012 Å2-0.0881 Å2-0.032 Å2-0.0008 Å2---0.0311 Å2
L0.0586 °2-0.0085 °2-0.0494 °2-0.1393 °20.0018 °2--0.0931 °2
S0.01 Å °-0.0032 Å °0.0152 Å °0.0027 Å °-0.0113 Å °-0.0078 Å °0.0141 Å °0.0085 Å °0.0014 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 802 - 80
2X-RAY DIFFRACTION1AA81 - 15881 - 158
3X-RAY DIFFRACTION1AA161 - 205161 - 205
4X-RAY DIFFRACTION1BB2 - 802 - 80
5X-RAY DIFFRACTION1BB81 - 16081 - 160
6X-RAY DIFFRACTION1BB161 - 205161 - 205
7X-RAY DIFFRACTION1CC2 - 802 - 80
8X-RAY DIFFRACTION1CC81 - 15881 - 158
9X-RAY DIFFRACTION1CC161 - 205161 - 205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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