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- PDB-2faf: The structure of chicken mitochondrial PEPCK. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2faf
タイトルThe structure of chicken mitochondrial PEPCK.
要素Phosphoenolpyruvate carboxykinase
キーワードLYASE / phosphoenolpyruvate carboxykinase / PEPCK / kinase / phosphoryl transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


eggshell formation / egg-laying behavior / Gluconeogenesis / regulation of viral process / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / glycerol biosynthetic process from pyruvate / embryonic organ morphogenesis / propionate catabolic process / vitellogenesis ...eggshell formation / egg-laying behavior / Gluconeogenesis / regulation of viral process / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / glycerol biosynthetic process from pyruvate / embryonic organ morphogenesis / propionate catabolic process / vitellogenesis / oxaloacetate metabolic process / hepatocyte differentiation / lactate metabolic process / cellular response to ethanol / glycerol catabolic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / embryo development ending in birth or egg hatching / pyruvate metabolic process / regulation of gluconeogenesis / response to starvation / response to cAMP / cellular response to dexamethasone stimulus / gluconeogenesis / cellular response to glucose stimulus / cellular response to insulin stimulus / manganese ion binding / mitochondrial matrix / GTP binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 ...Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
octanoyl-sucrose, esterificated at glucose C6 / : / Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP], mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Holyoak, T. / Sullivan, S.M. / Nowak, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structural Insights into the Mechanism of PEPCK Catalysis
著者: Holyoak, T. / Sullivan, S.M. / Nowak, T.
履歴
登録2005年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999Sequence The changes in the protein sequence represent errors in the original published sequence. ...Sequence The changes in the protein sequence represent errors in the original published sequence. These changes were verified by resequencing of the gene and mass spectrometry analysis.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase
B: Phosphoenolpyruvate carboxykinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,8397
ポリマ－134,7842
非ポリマー1,0555
水17,655980
1
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9234
ポリマ－67,3921
非ポリマー5323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphoenolpyruvate carboxykinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9153
ポリマ－67,3921
非ポリマー5232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.807, 47.737, 127.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxykinase / Phosphoenolpyruvate carboxylase / PEPCK-M


分子量: 67391.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: liver mitochondrial ioszyme / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
参照: UniProt: P21642, phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-6-O-octanoyl-alpha-D-glucopyranose / octanoyl-sucrose / esterificated at glucose C6


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 468.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: octanoyl-sucrose, esterificated at glucose C6
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5_6*OCCCCCCCC/3=O]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 984分子

#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 980 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 19% PEG 6000, HEPES pH 7.4, n-octanoyl sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月15日
放射モノクロメーター: unknown / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 123916 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.043
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.763.90.541116611.031186.3
1.76-1.833.90.394116431.058186.2
1.83-1.9140.284117861.098186.8
1.91-2.0240.196118631.088187.6
2.02-2.1440.141119861.056188.3
2.14-2.3140.106122061.038189.6
2.31-2.544.10.086123791.131191.2
2.54-2.914.40.066129880.996195.1
2.91-3.664.90.044135151.132198.2
3.66-505.50.034138890.886199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1KHG

1khg


解像度: 1.7→34.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.648 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 6219 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
all0.162 123906 --
obs0.162 123906 90.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.702 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å2-0.03 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9306 0 65 980 10351
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0229908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3321.97313511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.84551258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.65522.242455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.77151545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.79615108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027818
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.24628
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.26667
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2862
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7171.56231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05829820
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75334223
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7314.53656
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 433 -
Rwork0.209 7895 -
obs-8328 83.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7675-0.31850.67761.2012-1.48013.0777-0.02910.2087-0.0494-0.25110.05580.12070.29430.0004-0.0267-0.00020.01910.0059-0.057-0.008-0.0193-16.949-36.1769.575
26.12011.69011.03543.2823-0.20312.1661-0.00030.0810.1496-0.0260.07320.1522-0.0183-0.1144-0.0729-0.04280.0390.0272-0.04150.0388-0.012-26.209-36.47675.343
31.75851.1461-0.08745.4369-2.73832.248-0.1659-0.03170.2132-0.03960.17220.1603-0.0254-0.1188-0.00630.00080.0137-0.009-0.0896-0.0215-0.0292-10.782-34.61781.82
41.83430.22610.2950.7720.04150.7742-0.0306-0.0443-0.05930.0260.00850.04510.0301-0.02260.0221-0.00460.00820.002-0.08270.0269-0.0251-6.102-51.80582.644
52.2432-0.1979-0.4320.6175-0.43456.53630.01710.1362-0.0505-0.0512-0.2017-0.01650.0030.07870.1846-0.0642-0.01160.0024-0.0247-0.0206-0.0281-13.297-49.17360.358
61.3319-0.216-0.46121.04470.47750.87820.04990.0822-0.044-0.0979-0.0473-0.14090.0294-0.228-0.0026-0.0338-0.00260.007-0.0072-0.013-0.0184-11.346-53.94349.096
71.2921-0.2158-0.01220.0820.08830.49040.0006-0.01790.02310.0710.01210.006-0.053-0.022-0.0128-0.00420.00510.0052-0.05720.012-0.0175-12.778-40.8476.078
82.17920.8194-1.23021.3551-1.39982.5266-0.09470.1756-0.0301-0.00480.16410.0469-0.0091-0.2669-0.0694-0.02180.00760.0065-0.03710.0164-0.0246-18.64-41.1272.021
90.93040.1017-0.08460.17430.01442.2797-0.02260.0749-0.04510.02620.03750.03320.06960.0227-0.0149-0.02530.0004-0.0018-0.05370.0066-0.0064-15.402-48.10972.19
102.90990.705-1.66591.9261-0.98762.1332-0.0146-0.1463-0.05390.0549-0.10170.0792-0.05890.10470.1163-0.0455-0.0146-0.002-0.02480.0076-0.0144-3.646-43.42362.47
113.85680.71910.53240.78931.01331.3486-0.15450.07720.0366-0.06030.0461-0.1022-0.07060.05540.1084-0.0495-0.0261-0.0037-0.01940.0405-0.00729.869-43.15461.215
126.7869-0.5008-2.7511.85380.69753.78550.4840.09090.4688-0.27050.0292-0.4985-0.640.3359-0.51330.03-0.01610.06450.05580.00030.03627.752-38.39863.417
130.587-0.314-0.12770.7005-0.02962.79230.002-0.02370.07750.055-0.0111-0.0486-0.0582-0.16420.0091-0.0418-0.0228-0.0019-0.02720.0345-0.0144.328-40.34166.776
142.04150.71240.02631.479-0.54221.568-0.06350.07290.093-0.06360.09920.0956-0.03520.0131-0.0357-0.01940.0155-0.0116-0.08190.0156-0.0292-1.25-47.02581.052
150.7454-0.2533-0.06460.75910.3680.99320.0261-0.0113-0.0565-0.0834-0.0718-0.1371-0.01380.11360.0456-0.0664-0.01430.0259-0.04420.05740.016514.345-46.69655.092
160.7596-0.1051-0.52151.7141-0.05171.1362-0.0497-0.0284-0.03930.0116-0.0396-0.0083-0.0259-0.01920.0893-0.0335-0.00560.0064-0.03330.0113-0.0156-0.29-48.45954.74
172.0094-1.91681.53568.5963-2.69963.37-0.0688-0.0867-0.1412-0.19050.1664-0.0468-0.0729-0.06-0.0976-0.0990.00620.0359-0.06140.0506-0.021116.787-52.46155.701
181.201-0.5445-0.20093.05150.87614.1309-0.03250.0131-0.1228-0.1747-0.0594-0.17690.2698-0.08460.0919-0.1194-0.01080.0439-0.07710.06890.028319.152-56.88252.386
192.82410.69741.53592.05791.32642.9765-0.2241-0.0787-0.2473-0.3522-0.17170.20710.1212-0.3110.3958-0.0442-0.01660.0146-0.0837-0.01450.08677.193-64.24845.811
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322.9939-0.32022.56773.4342-1.14569.31720.05380.3476-0.0056-0.6028-0.1070.34210.2477-0.49670.05320.04590.0198-0.06050.10080.0206-0.027636.481-55.461-9.093
334.20540.64190.07381.3436-0.51542.30470.0542-0.3622-0.46730.4339-0.02590.19250.1682-0.6634-0.02830.087-0.06190.17050.12260.03090.003615.618-60.3544.562
341.25490.05950.24780.9087-0.07012.56710.00810.1470.2323-0.22710.00040.1611-0.1486-0.2169-0.00850.03040.0305-0.0388-0.00880.05280.003527.928-54.172-3.083
350.53320.3439-0.13935.38542.06191.91220.1340.03910.07860.3563-0.022-0.08810.2140.0695-0.112-0.0054-0.0053-0.0173-0.04050.0512-0.036632.683-57.85227.299
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372.0944-1.10940.14881.70630.65771.26020.0515-0.0577-0.08540.03140.01840.07530.1240.0106-0.0698-0.0184-0.01910.0095-0.05470.0351-0.044233.86-57.12731.503
381.7099-1.02-0.55151.53230.28140.79080.0109-0.1258-0.04830.21940.10110.2489-0.07970.0084-0.112-0.02650.00040.0549-0.07090.06670.018623.86-49.68338.065
391.7686-0.1321-0.52012.7670.87253.46550.13020.07290.1250.1156-0.1045-0.055-0.0184-0.3942-0.0257-0.0720.03890.0309-0.02810.0707-0.044814.174-49.11426.753
403.6980.0443-1.07573.1120.17653.31260.11740.23380.05380.006-0.02040.0710.0537-0.1075-0.097-0.02650.00820.0592-0.04260.0625-0.014916.831-47.84735.508
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA34 - 521 - 19
22AA53 - 6120 - 28
33AA62 - 8029 - 47
44AA81 - 10548 - 72
55AA106 - 11773 - 84
66AA118 - 14385 - 110
77AA144 - 196111 - 163
88AA197 - 225164 - 192
99AA226 - 262193 - 229
1010AA263 - 281230 - 248
1111AA282 - 308249 - 275
1212AA309 - 324276 - 291
1313AA325 - 350292 - 317
1414AA351 - 431318 - 398
1515AA432 - 495399 - 462
1616AA496 - 521463 - 488
1717AA522 - 546489 - 513
1818AA547 - 577514 - 544
1919AA578 - 606545 - 573
2020AA607 - 641574 - 608
2121BB34 - 691 - 36
2222BB70 - 10637 - 73
2323BB107 - 14974 - 116
2424BB150 - 199117 - 166
2525BB200 - 223167 - 190
2626BB224 - 251191 - 218
2727BB252 - 279219 - 246
2828BB280 - 308247 - 275
2929BB309 - 320276 - 287
3030BB321 - 334288 - 301
3131BB335 - 357302 - 324
3232BB358 - 376325 - 343
3333BB377 - 424344 - 391
3434BB425 - 443392 - 410
3535BB444 - 464411 - 431
3636BB465 - 526432 - 493
3737BB527 - 565494 - 532
3838BB566 - 609533 - 576
3939BB610 - 628577 - 595
4040BB629 - 641596 - 608

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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