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- PDB-2f9m: 3D structure of active human Rab11b GTPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f9m
タイトル3D structure of active human Rab11b GTPase
要素RAB11B, member RAS oncogene family
キーワードHYDROLASE / Rab11b GTPase / vesicle transport
機能・相同性
機能・相同性情報


constitutive secretory pathway / regulation of endocytic recycling / regulated exocytosis / amyloid-beta clearance by transcytosis / receptor recycling / transferrin transport / melanosome transport / regulation of protein localization to cell surface / myosin V binding / RAB geranylgeranylation ...constitutive secretory pathway / regulation of endocytic recycling / regulated exocytosis / amyloid-beta clearance by transcytosis / receptor recycling / transferrin transport / melanosome transport / regulation of protein localization to cell surface / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / endocytic recycling / cellular response to acidic pH / establishment of protein localization to membrane / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / TBC/RABGAPs / phagocytic vesicle / regulation of monoatomic anion transport / small monomeric GTPase / recycling endosome / synaptic vesicle membrane / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / synaptic vesicle / G protein activity / cadherin binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...: / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / NICKEL (II) ION / Ras-related protein Rab-11B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Scapin, S.M.N. / Guimaraes, B.G. / Zanchin, N.I.T.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2006
タイトル: The crystal structure of the small GTPase Rab11b reveals critical differences relative to the Rab11a isoform.
著者: Scapin, S.M. / Carneiro, F.R. / Alves, A.C. / Medrano, F.J. / Guimaraes, B.G. / Zanchin, N.I.
履歴
登録2005年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAB11B, member RAS oncogene family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1375
ポリマ－22,4731
非ポリマー6644
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.611, 85.409, 86.886
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1205-

HOH

21A-1244-

HOH

31A-1320-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 RAB11B, member RAS oncogene family


分子量: 22473.238 Da / 分子数: 1 / 断片: GTPase domain, residues 8 to 205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pCYTEXP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q15907, small monomeric GTPase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: reservoir solution: 0.1M Tris-HCl pH8.5, 1M lithium sulfate, 0.01M nickel chloride. Protein sample: 68 mg/ml Rab11b-GppNHp, 10mM Tris-HCl pH7.4, 0.1mM magnesium chloride., VAPOR DIFFUSION, ...詳細: reservoir solution: 0.1M Tris-HCl pH8.5, 1M lithium sulfate, 0.01M nickel chloride. Protein sample: 68 mg/ml Rab11b-GppNHp, 10mM Tris-HCl pH7.4, 0.1mM magnesium chloride., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.43 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月11日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.43 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→33.48 Å / Num. obs: 18222 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 9 % / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Rsym value: 0.331 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.655 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20529 940 5.1 %RANDOM
Rwork0.16263 ---
all0.16479 18438 --
obs0.16479 17437 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.688 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å20 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3---1.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1456 0 35 286 1777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2631.972051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.575181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.32423.64974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.48315265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8871513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021122
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2921
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21069
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0710.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.561.5915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03621449
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7633671
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9264.5602
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 64 -
Rwork0.204 1263 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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