PDB-2f74: Murine MHC class I H-2Db in complex with human b2-microglobulin a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f74

タイトル

Murine MHC class I H-2Db in complex with human b2-microglobulin and LCMV-derived immunodminant peptide gp33

要素

Beta-2-microglobulin
H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
NONAMERIC PEPTIDE, GP33, DERIVED FROM LYMPHOCYTIC CHORIOMENINGITIS VIRUS

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MURINE MHC / LCMV / RECEPTOR BINDING / beta2-microglobulin

機能・相同性

機能・相同性情報

antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Achour, A. / Michaelsson, J. / Harris, R.A. / Ljunggren, H.G. / Karre, K. / Schneider, G. / Sandalova, T.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural Basis of the Differential Stability and Receptor Specificity of H-2D(b) in Complex with Murine versus Human beta(2)-Microglobulin.
著者: Achour, A. / Harris, R.A. / Ljunggren, H.G. / Schneider, G. / Sandalova, T.

履歴

登録	2005年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2f74.ent.gz	134 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f74.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/2f74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/2f74	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1s7uS 1n5a S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4l8c-3 4l8d-2 1fg2-2 1gzp-d 1s7x-3 1jpf-d 1wbz-1 1gzq-d 4nsk-d 1zt4-1 4zuv-2 3cc5-1 4u1l-1 4huv-1 5oqf-2 5e8p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

B: Beta-2-microglobulin

C: NONAMERIC PEPTIDE, GP33, DERIVED FROM LYMPHOCYTIC CHORIOMENINGITIS VIRUS

D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

E: Beta-2-microglobulin

F: NONAMERIC PEPTIDE, GP33, DERIVED FROM LYMPHOCYTIC CHORIOMENINGITIS VIRUS

90 kDa, 6 ポリマー
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1

A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

B: Beta-2-microglobulin

C: NONAMERIC PEPTIDE, GP33, DERIVED FROM LYMPHOCYTIC CHORIOMENINGITIS VIRUS

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45 kDa, 3 ポリマー
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2

D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

E: Beta-2-microglobulin

F: NONAMERIC PEPTIDE, GP33, DERIVED FROM LYMPHOCYTIC CHORIOMENINGITIS VIRUS

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.142, 65.197, 101.941
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	HIS	HIS	ALA	ALA	1	A	A	3 - 40	3 - 40
2	1	1	HIS	HIS	ALA	ALA	1	D	D	3 - 40	3 - 40
3	2	1	GLU	GLU	TYR	TYR	5	A	A	41 - 45	41 - 45
4	2	1	GLU	GLU	TYR	TYR	5	D	D	41 - 45	41 - 45
5	3	1	GLU	GLU	GLU	GLU	2	A	A	46 - 61	46 - 61
6	3	1	GLU	GLU	GLU	GLU	2	D	D	46 - 61	46 - 61
7	4	1	ARG	ARG	GLU	GLU	5	A	A	62 - 63	62 - 63
8	4	1	ARG	ARG	GLU	GLU	5	D	D	62 - 63	62 - 63
9	5	1	THR	THR	SER	SER	2	A	A	64 - 88	64 - 88
10	5	1	THR	THR	SER	SER	2	D	D	64 - 88	64 - 88
11	6	1	ALA	ALA	GLY	GLY	4	A	A	89 - 90	89 - 90
12	6	1	ALA	ALA	GLY	GLY	4	D	D	89 - 90	89 - 90
13	7	1	GLY	GLY	TRP	TRP	2	A	A	91 - 107	91 - 107
14	7	1	GLY	GLY	TRP	TRP	2	D	D	91 - 107	91 - 107
15	8	1	ARG	ARG	LEU	LEU	5	A	A	108 - 109	108 - 109
16	8	1	ARG	ARG	LEU	LEU	5	D	D	108 - 109	108 - 109
17	9	1	LEU	LEU	LEU	LEU	2	A	A	110 - 114	110 - 114
18	9	1	LEU	LEU	LEU	LEU	2	D	D	110 - 114	110 - 114
19	10	1	PHE	PHE	GLY	GLY	2	A	A	116 - 120	116 - 120
20	10	1	PHE	PHE	GLY	GLY	2	D	D	116 - 120	116 - 120
21	11	1	ASP	ASP	ARG	ARG	2	A	A	122 - 144	122 - 144
22	11	1	ASP	ASP	ARG	ARG	2	D	D	122 - 144	122 - 144
23	12	1	ARG	ARG	LYS	LYS	5	A	A	145 - 146	145 - 146
24	12	1	ARG	ARG	LYS	LYS	5	D	D	145 - 146	145 - 146
1	1	2	TRP	TRP	GLU	GLU	2	A	A	147 - 154	147 - 154
2	1	2	TRP	TRP	GLU	GLU	2	D	D	147 - 154	147 - 154
3	2	2	HIS	HIS	LEU	LEU	6	A	A	169 - 179	169 - 179
4	2	2	HIS	HIS	LEU	LEU	6	D	D	169 - 179	169 - 179
5	3	2	LEU	LEU	ALA	ALA	2	A	A	180 - 187	180 - 187
6	3	2	LEU	LEU	ALA	ALA	2	D	D	180 - 187	180 - 187
7	4	2	HIS	HIS	GLU	GLU	5	A	A	192 - 198	192 - 198
8	4	2	HIS	HIS	GLU	GLU	5	D	D	192 - 198	192 - 198
9	5	2	VAL	VAL	THR	THR	2	A	A	199 - 225	199 - 225
10	5	2	VAL	VAL	THR	THR	2	D	D	199 - 225	199 - 225
11	6	2	GLU	GLU	VAL	VAL	5	A	A	229 - 231	229 - 231
12	6	2	GLU	GLU	VAL	VAL	5	D	D	229 - 231	229 - 231
13	7	2	GLU	GLU	HIS	HIS	2	A	A	232 - 263	232 - 263
14	7	2	GLU	GLU	HIS	HIS	2	D	D	232 - 263	232 - 263
15	8	2	GLU	GLU	GLU	GLU	5	A	A	264 - 275	264 - 275
16	8	2	GLU	GLU	GLU	GLU	5	D	D	264 - 275	264 - 275
1	1	3	THR	THR	ARG	ARG	2	B	B	4 - 12	5 - 13
2	1	3	THR	THR	ARG	ARG	2	E	E	4 - 12	5 - 13
3	2	3	PRO	PRO	PHE	PHE	2	B	B	14 - 30	15 - 31
4	2	3	PRO	PRO	PHE	PHE	2	E	E	14 - 30	15 - 31
5	3	3	GLU	GLU	VAL	VAL	5	B	B	36 - 37	37 - 38
6	3	3	GLU	GLU	VAL	VAL	5	E	E	36 - 37	37 - 38
7	4	3	ASP	ASP	GLU	GLU	2	B	B	38 - 44	39 - 45
8	4	3	ASP	ASP	GLU	GLU	2	E	E	38 - 44	39 - 45
9	5	3	ARG	ARG	ILE	ILE	4	B	B	45 - 46	46 - 47
10	5	3	ARG	ARG	ILE	ILE	4	E	E	45 - 46	46 - 47
11	6	3	SER	SER	THR	THR	1	B	B	52 - 73	53 - 74
12	6	3	SER	SER	THR	THR	1	E	E	52 - 73	53 - 74
13	7	3	GLU	GLU	GLU	GLU	4	B	B	74 - 77	75 - 78
14	7	3	GLU	GLU	GLU	GLU	4	E	E	74 - 77	75 - 78
15	8	3	VAL	VAL	PRO	PRO	1	B	B	85 - 90	86 - 91
16	8	3	VAL	VAL	PRO	PRO	1	E	E	85 - 90	86 - 91
17	9	3	LYS	LYS	ILE	ILE	4	B	B	91 - 92	92 - 93
18	9	3	LYS	LYS	ILE	ILE	4	E	E	91 - 92	92 - 93
19	10	3	VAL	VAL	ASP	ASP	2	B	B	93 - 98	94 - 99
20	10	3	VAL	VAL	ASP	ASP	2	E	E	93 - 98	94 - 99
1	1	4	LYS	LYS	MET	MET	2	C	C	1 - 9	1 - 9
2	1	4	LYS	LYS	MET	MET	2	F	F	1 - 9	1 - 9

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H- 2DB 分子量: 32087.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド	NONAMERIC PEPTIDE, GP33, DERIVED FROM LYMPHOCYTIC CHORIOMENINGITIS VIRUS 分子量: 1045.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The gp33 PEPTIDE was chemically synthesized.
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 6K, pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.0292 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0292 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→25 Å / Num. all: 22481 / Num. obs: 22481 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 74 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 610 / % possible all: 51.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1S7U

1s7u

解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 19.378 / SU ML: 0.377 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.461 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29768	1165	5.2 %	RANDOM
R_work	0.22281	-	-	-
all	0.22672	-	-	-
obs	0.22672	21257	92.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.548 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.86 Å²	0 Å²	-0.64 Å²
2-	-	5.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6338	0	0	81	6419

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.021	6526
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.042	1.932	8852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.471	3	13022
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.675	5	762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	891
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7307
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.271	0.2	6378
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.098	0.2	3941
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.233	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.287	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.208	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.704	1.5	3831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.281	2	6162
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.918	3	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.042	4.5	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1981	tight positional	0.06	0.05
2	A	1129	tight positional	0.05	0.05
3	B	1032	tight positional	0.06	0.05
4	C	137	tight positional	0.05	0.05
1	A	227	medium positional	1	0.5
2	A	353	medium positional	0.77	0.5
3	B	173	medium positional	0.73	0.5
2	A	171	loose positional	1.1	5
1	A	1981	tight thermal	0.14	0.5
2	A	1129	tight thermal	0.13	0.5
3	B	1032	tight thermal	0.16	0.5
4	C	137	tight thermal	0.24	0.5
1	A	227	medium thermal	0.71	2
2	A	353	medium thermal	0.65	2
3	B	173	medium thermal	0.56	2
2	A	171	loose thermal	1.94	10

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.449	54
R_work	0.346	1032
obs	-	920

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1343	-2.6147	-1.7411	2.9979	1.3242	2.218	-0.1704	-0.2107	-0.5232	0.2174	0.1336	0.3374	0.3158	-0.1373	0.0368	0.2868	-0.1123	-0.1601	0.2687	0.0218	0.2257	17.031	0.065	11.897
2	4.3165	-2.6478	-1.6308	5.252	2.1502	4.5905	0.3447	0.5911	-0.2016	-0.8699	-0.2151	0.312	0.2016	-0.2964	-0.1296	0.3375	-0.06	-0.2064	0.3406	-0.0253	0.1425	19.74	-2.53	-7.725
3	3.9218	-7.8538	5.9375	40.0194	0.0232	4.347	-0.7788	-1.6923	-0.1875	1.055	1.134	1.2396	0.6476	-1.2001	-0.3553	0.2963	-0.1163	0.2011	0.7946	0.0037	0.3336	-0.637	6.935	20.158
4	5.852	-0.6593	-1.7784	1.8356	0.9056	4.2814	-0.0437	0.0355	-0.3288	0.0173	0.1834	-0.165	0.1549	0.5848	-0.1397	0.3838	-0.1495	-0.1493	0.482	-0.1154	0.2173	6.343	33.53	60.357
5	4.1447	-2.1274	-3.6361	2.064	1.9684	8.5919	0.3114	0.5159	-0.0594	-0.5543	0.0045	-0.1815	-0.3705	-0.1483	-0.3159	0.4118	-0.2992	-0.0233	0.7042	-0.1731	0.2339	8.319	33.182	40.565
6	7.1564	-5.2246	1.3868	21.8869	-0.691	3.6106	-0.4267	-2.6444	-1.6737	0.2859	1.2819	2.8028	-0.127	-0.6528	-0.8552	0.2714	-0.0668	0.0353	0.7039	-0.0177	0.2029	-11.763	37.129	69.808

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 182	2 - 182
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	183 - 276	183 - 276
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 98	2 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 9	1 - 9
5	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 182	1 - 182
6	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	183 - 276	183 - 276
7	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	1 - 98	2 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	1 - 9	1 - 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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