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万見
- PDB-2f6r: Crystal structure of Bifunctional coenzyme A synthase (CoA syntha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f6r
タイトルCrystal structure of Bifunctional coenzyme A synthase (CoA synthase): (18044849) from MUS MUSCULUS at 1.70 A resolution
要素Bifunctional coenzyme A synthase
キーワードTRANSFERASE / 18044849 / Bifunctional coenzyme A synthase (CoA synthase) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


Coenzyme A biosynthesis / dephospho-CoA kinase / dephospho-CoA kinase activity / pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / mitochondrial matrix / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Dephospho-CoA kinase / Dephospho-CoA kinase / Dephospho-CoA kinase (DPCK) domain profile. / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Unknown ligand / Bifunctional coenzyme A synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Bifunctional coenzyme A synthase (CoA synthase) (18044849) from MUS MUSCULUS at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional coenzyme A synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2583
ポリマ－31,4491
非ポリマー8102
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.040, 32.370, 95.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.240, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional coenzyme A synthase / CoA synthase / Pantetheine- phosphate adenylyltransferase / PPAT Dephospho-CoA pyrophosphorylase / ...CoA synthase / Pantetheine- phosphate adenylyltransferase / PPAT Dephospho-CoA pyrophosphorylase / DPCK / Dephosphocoenzyme A kinase / DPCOAK


分子量: 31448.846 Da / 分子数: 1
断片: Phosphopantetheine adenylyltransferase and Dephospho-CoA kinase
変異: 2.7.7.3, 2.7.1.24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Coasy, Ukr1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q9DBL7
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5.1
詳細: 15.0% iso-Propanol, 20.0% PEG-4000, 0.1M Na,K-Phosphate , pH 5.1, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月24日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→28.03 Å / Num. obs: 32283 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.55 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 12.69
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.661 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.7-1.7680.61.799408491099.6
1.76-1.8384.12.24101525270
1.83-1.9187.42.97101945275
1.91-2.02924.44120046246
2.02-2.1494.76.34107305579
2.14-2.3197.49.27120386247
2.31-2.5498.213.11165016003
2.54-2.998.917.91228516078
2.9-3.6699.125.94242876269
3.66-28.0399.536.95237406213

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1n3bA

解像度: 1.7→28.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.818 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1637 5.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.18 ---
obs0.17984 30645 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.659 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å2-1.15 Å2
2--1.39 Å20 Å2
3----1.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1767 0 61 199 2027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221883
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7242.0012566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85834079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7575234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.49324.45974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.58115326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8471511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2359
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.21735
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.2913
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21107
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1740.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2670.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.68531250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6543473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.46651854
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4978812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.51811709
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 121 -
Rwork0.27 2216 -
obs--99.74 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.3825 Å / Origin y: 30.5271 Å / Origin z: 25.6603 Å
111213212223313233
T-0.048 Å20.0143 Å2-0.0224 Å2--0.1022 Å2-0.0185 Å2---0.0398 Å2
L0.7757 °20.092 °2-0.1657 °2-0.8049 °2-0.7231 °2--3.5913 °2
S-0.0138 Å °-0.0993 Å °0.0068 Å °-0.2816 Å °-0.008 Å °0.1382 Å °0.0841 Å °0.2368 Å °0.0218 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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