PDB-2f2j: Solution structure of [W19K, P20N, V21K]-kalata B1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f2j

タイトル

Solution structure of [W19K, P20N, V21K]-kalata B1

要素

Kalata-B1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / cystine knot / circular backbone / beta-hairpin

機能・相同性

Cyclotide, moebius, conserved site / Cyclotides Moebius subfamily signature. / Cyclotides profile. / Cyclotide / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / Kalata-B1

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Clark, R.J. / Daly, N.L. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2006
タイトル: Structural plasticity of the cyclic cystine knot framework: implications for biological activity and drug design
著者: Clark, R.J. / Daly, N.L. / Craik, D.J.

履歴

登録	2005年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f2j.cif.gz	128.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f2j.ent.gz	91.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2f2j_validation.pdf.gz	334.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2f2j_full_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示
XML形式データ	2f2j_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	2f2j_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/2f2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/2f2j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f2iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ttl-d 2mn1-d 1fyg-d 5ug5-d 1hp9-d 2ml7-d 1cnn-d 6ats-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kalata-B1

2.91 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Kalata-B1 分子量: 2907.352 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-29 / 変異: W19K/P20N/V21K/S29V / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Oldenlandia affinis. 参照: UniProt: P56254
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	E-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 1mM [W19K, P20N, V21K]-kalata B1, 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 1 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 290 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
XEASY	1.3.7	Eccles et al	データ解析
DYANA	1.5	Guntert et al	構造決定
CNS	1.1	Brunger et al	構造決定
CNS	1.1	Brunger et al	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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