PDB-2f1k: Crystal structure of Synechocystis arogenate dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f1k

タイトル

Crystal structure of Synechocystis arogenate dehydrogenase

要素

prephenate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / arogenate/prephenate dehydrogenase / tyrosine synthesis / X-ray crystallography structure

機能・相同性

機能・相同性情報

prephenate dehydrogenase (NADP+) activity / prephenate dehydrogenase (NAD+) activity / tyrosine biosynthetic process / NAD+ binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Legrand, P. / Dumas, R. / Seux, M. / Rippert, P. / Ravelli, R. / Ferrer, J.-L. / Matringe, M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Biochemical Characterization and Crystal Structure of Synechocystis Arogenate Dehydrogenase Provide Insights into Catalytic Reaction
著者: Legrand, P. / Dumas, R. / Seux, M. / Rippert, P. / Ravelli, R. / Ferrer, J.-L. / Matringe, M.

履歴

登録	2005年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2025年3月26日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f1k.cif.gz	235.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f1k.ent.gz	190.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/2f1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/2f1k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2g5c-2 2g5c-1 3hlt-4 3ggg-2 4m1o-d 4odd-d 3dzb-d 4lyf-d 3d1l-d 3v71-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: prephenate dehydrogenase

B: prephenate dehydrogenase

C: prephenate dehydrogenase

D: prephenate dehydrogenase

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
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1

A: prephenate dehydrogenase

B: prephenate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: prephenate dehydrogenase

D: prephenate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.150, 70.850, 104.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ILE	ILE	VAL	VAL	A	A	3 - 6	3 - 6
2	1	1	ILE	ILE	VAL	VAL	B	B	3 - 6	3 - 6
3	1	1	ILE	ILE	VAL	VAL	C	C	3 - 6	3 - 6
4	1	1	ILE	ILE	VAL	VAL	D	D	3 - 6	3 - 6
5	2	1	TYR	TYR	VAL	VAL	A	A	25 - 29	25 - 29
6	2	1	TYR	TYR	VAL	VAL	B	B	25 - 29	25 - 29
7	2	1	TYR	TYR	VAL	VAL	C	C	25 - 29	25 - 29
8	2	1	TYR	TYR	VAL	VAL	D	D	25 - 29	25 - 29
9	3	1	TYR	TYR	VAL	VAL	A	A	25 - 29	25 - 29
10	3	1	TYR	TYR	VAL	VAL	B	B	25 - 29	25 - 29
11	3	1	TYR	TYR	VAL	VAL	C	C	25 - 29	25 - 29
12	3	1	TYR	TYR	VAL	VAL	D	D	25 - 29	25 - 29
13	4	1	LYS	LYS	CYS	CYS	A	A	59 - 64	59 - 64
14	4	1	LYS	LYS	CYS	CYS	B	B	59 - 64	59 - 64
15	4	1	LYS	LYS	CYS	CYS	C	C	59 - 64	59 - 64
16	4	1	LYS	LYS	CYS	CYS	D	D	59 - 64	59 - 64
17	5	1	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	85 - 91	85 - 91
18	5	1	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	85 - 91	85 - 91
19	5	1	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	85 - 91	85 - 91
20	5	1	ALA	ALA	ALA	ALA	D	D	85 - 91	85 - 91
21	6	1	ILE	ILE	OMT	OMT	A	A	109 - 114	109 - 114
22	6	1	ILE	ILE	OMT	OMT	B	B	109 - 114	109 - 114
23	6	1	ILE	ILE	OMT	OMT	C	C	109 - 114	109 - 114
24	6	1	ILE	ILE	OMT	OMT	D	D	109 - 114	109 - 114
25	7	1	ALA	ALA	THR	THR	A	A	133 - 138	133 - 138
26	7	1	ALA	ALA	THR	THR	B	B	133 - 138	133 - 138
27	7	1	ALA	ALA	THR	THR	C	C	133 - 138	133 - 138
28	7	1	ALA	ALA	THR	THR	D	D	133 - 138	133 - 138
29	8	1	VAL	VAL	CYS	CYS	A	A	160 - 165	160 - 165
30	8	1	VAL	VAL	CYS	CYS	B	B	160 - 165	160 - 165
31	8	1	VAL	VAL	CYS	CYS	C	C	160 - 165	160 - 165
32	8	1	VAL	VAL	CYS	CYS	D	D	160 - 165	160 - 165
1	1	2	THR	THR	LYS	LYS	A	A	166 - 276	166 - 276
2	1	2	THR	THR	LYS	LYS	B	B	166 - 276	166 - 276
3	1	2	THR	THR	LYS	LYS	C	C	166 - 276	166 - 276
4	1	2	THR	THR	LYS	LYS	D	D	166 - 276	166 - 276

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

two copies of the biological dimer are present in the assymetric units

#1: タンパク質	prephenate dehydrogenase / arogenate dehydrogenase 分子量: 30324.611 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: D90910.1 / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (lambda DE3) / 参照: UniProt: P73906, EC: 1.3.1.43
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.2 %
結晶化	温度: 294 K / pH: 8 詳細: 1 uL prot + 1 uL reservoir (PEG 6000 30%, 0.1 M tris-HCl) + 2uL NADP 2 mM, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K, pH 8.00

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
1,2		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.072

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月12日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	DIAMOND	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2			M	x-ray	1

放射波長

波長: 1.072 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→20 Å / Num. obs: 135727 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.09 % / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 17.06

反射シェル

解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 3.46 % / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / R_sym value: 0.426 / % possible all: 85.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
ProDC		データ収集
XDS		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.55→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.55 / SU ML: 0.064 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22191	6895	5 %	RANDOM
R_work	0.18863	-	-	-
obs	0.1903	131035	99.14 %	-
all	-	132172	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8498	0	208	424	9130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	9012
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.665	2.012	12330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.275	5	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.564	24.819	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.118	15	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.566	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.15	0.2	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6630
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	4622
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	6252
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.14	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.234	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.235	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.819	1.5	5787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.23	2	9081
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.06	3	3610
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.099	4.5	3247
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	257	medium positional	0.14	0.3
1	2	B	257	medium positional	0.11	0.3
1	3	C	257	medium positional	0.15	0.3
1	4	D	257	medium positional	0.12	0.3
2	1	A	244	medium positional	0.19	0.3
2	2	B	244	medium positional	0.23	0.3
2	3	C	244	medium positional	0.21	0.3
2	4	D	244	medium positional	0.15	0.3
1	1	A	421	loose positional	0.49	1.2
1	2	B	421	loose positional	0.53	1.2
1	3	C	421	loose positional	0.52	1.2
1	4	D	421	loose positional	0.49	1.2
2	1	A	490	loose positional	0.96	1.2
2	2	B	490	loose positional	1.19	1.2
2	3	C	490	loose positional	1.22	1.2
2	4	D	490	loose positional	1.06	1.2
1	1	A	257	medium thermal	0.96	2.5
1	2	B	257	medium thermal	1.03	2.5
1	3	C	257	medium thermal	1.21	2.5
1	4	D	257	medium thermal	1.18	2.5
2	1	A	244	medium thermal	1.08	2.5
2	2	B	244	medium thermal	1.28	2.5
2	3	C	244	medium thermal	1.27	2.5
2	4	D	244	medium thermal	1.13	2.5
1	1	A	421	loose thermal	1.67	5
1	2	B	421	loose thermal	1.48	5
1	3	C	421	loose thermal	1.66	5
1	4	D	421	loose thermal	1.44	5
2	1	A	490	loose thermal	2.06	5
2	2	B	490	loose thermal	3.11	5
2	3	C	490	loose thermal	2.5	5
2	4	D	490	loose thermal	2.03	5

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	403	-
R_work	0.226	8138	-
obs	-	-	90.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4104	-0.2334	-0.2266	1.3758	0.5514	1.7141	-0.0619	0.0937	-0.0417	0.033	-0.0234	0.1622	-0.0044	-0.0469	0.0853	-0.0875	0.0077	-0.0055	-0.1107	-0.0015	-0.0959	-9.725	-0.721	-12.265
2	1.7204	0.0163	0.4536	1.1338	0.2816	1.5075	-0.0212	-0.062	0.0794	0.1291	0.0451	-0.0319	-0.1316	0.0846	-0.0238	-0.1005	-0.0368	0.0005	-0.0162	-0.0277	-0.093	27.351	8.358	34.629
3	29.2491	-5.9154	0.3286	3.3629	0.6839	1.9382	0.2195	1.016	2.4761	-0.3747	-0.0952	-0.7152	0.0625	0.3487	-0.1243	-0.031	0.0821	0.0371	0.0926	0.036	0.1486	30.907	7.96	68.472
4	0.6448	0.118	0.4577	1.4226	-0.0886	1.2985	0.0469	0.0329	0.0253	0.0638	-0.0664	0.2098	-0.0193	-0.0868	0.0196	-0.1455	-0.0041	0.0305	-0.0712	0.0056	-0.0276	-7.772	2.649	21.237
5	1.2747	0.0463	0.3112	0.6239	0.149	1.3258	0.0462	0.0473	0.0318	-0.0527	-0.0049	-0.0134	-0.0017	0.1106	-0.0413	-0.1471	-0.003	0.0107	-0.1071	-0.0272	-0.1069	19.658	-1.776	2.789
6	0.7412	0.0679	0.0214	0.6429	0.2616	0.9161	-0.0077	-0.0109	0.0168	-0.0353	0.0307	-0.042	0.0117	0.0957	-0.023	-0.155	-0.0174	0.006	-0.1003	-0.0232	-0.1155	20.648	-3.244	5.401
7	1.2496	0.2185	1.151	0.7373	0.6952	4.3258	-0.0209	-0.2047	0.0065	0.1958	0.0004	0.0007	0.4211	-0.1938	0.0205	-0.0322	0.0106	0.0291	-0.086	0.0106	-0.0884	3.541	-5.358	52.795
8	1.1213	0.0536	1.1786	0.8339	0.5781	4.0014	0.0436	-0.1635	-0.0582	0.1627	-0.0043	-0.0069	0.5015	-0.1276	-0.0393	-0.0318	-0.0053	0.0273	-0.0956	0.0103	-0.0897	2.956	-6.821	50.277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 166	1 - 166
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	G	1350	1
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 166	1 - 166
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	H	2350	1
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 166	1 - 166
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	I	3350	1
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 166	1 - 166
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	J	4350	1
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	167 - 279	167 - 279
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	167 - 279	167 - 279
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	167 - 278	167 - 278
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	167 - 279	167 - 279

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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