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- PDB-2f1f: Crystal structure of the regulatory subunit of acetohydroxyacid s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f1f
タイトルCrystal structure of the regulatory subunit of acetohydroxyacid synthase isozyme III from E. coli
要素Acetolactate synthase isozyme III small subunit
キーワードTRANSFERASE / ferredoxin fold / ACT domain
機能・相同性
機能・相同性情報


acetolactate synthase regulator activity / acetolactate synthase complex / acetolactate synthase / branched-chain amino acid biosynthetic process / acetolactate synthase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
ACT domain / Acetolactate synthase, small subunit, C-terminal / Small subunit of acetolactate synthase / Acetolactate synthase, small subunit / AHAS, ACT domain / AHAS-like ACT domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / ACT domain / ACT domain profile. ...ACT domain / Acetolactate synthase, small subunit, C-terminal / Small subunit of acetolactate synthase / Acetolactate synthase, small subunit / AHAS, ACT domain / AHAS-like ACT domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetolactate synthase isozyme 3 small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Kaplun, A. / Vyazmensky, M. / Barak, Z. / Chipman, D.M. / Shaanan, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the Regulatory Subunit of Acetohydroxyacid Synthase Isozyme III from Escherichia coli.
著者: Kaplun, A. / Vyazmensky, M. / Zherdev, Y. / Belenky, I. / Slutzker, A. / Mendel, S. / Barak, Z. / Chipman, D.M. / Shaanan, B.
履歴
登録2005年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE AS A RESULT OF A CLONING ARTIFACT, AN ALANINE HAS BEEN INSERTED BETWEEN THE FIRST RESIDUE ...SEQUENCE AS A RESULT OF A CLONING ARTIFACT, AN ALANINE HAS BEEN INSERTED BETWEEN THE FIRST RESIDUE MET AND THE SECOND RESIDUE ARG. MET 1 IS NOT OBSERVED IN THE ELECTRON DENSITY, HENCE THE INSERTED ALA IS NUMBERED 1 IN THE ENTRY, WITH THE REST OF THE RESIDUES NUMBERED AS IN SWISSPROT ENTRY P00894.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetolactate synthase isozyme III small subunit
B: Acetolactate synthase isozyme III small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,85410
ポリマ－36,1442
非ポリマー7108
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area14590 Å2
手法PISA
2
A: Acetolactate synthase isozyme III small subunit
B: Acetolactate synthase isozyme III small subunit
ヘテロ分子

A: Acetolactate synthase isozyme III small subunit
B: Acetolactate synthase isozyme III small subunit
ヘテロ分子

A: Acetolactate synthase isozyme III small subunit
B: Acetolactate synthase isozyme III small subunit
ヘテロ分子

A: Acetolactate synthase isozyme III small subunit
B: Acetolactate synthase isozyme III small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,41740
ポリマ－144,5758
非ポリマー2,84232
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area30780 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area48270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.600, 98.600, 80.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-801-

MG

21B-901-

MG

31B-805-

MG

41B-810-

MG

51A-803-

HOH

61A-804-

HOH

71A-878-

HOH

81A-896-

HOH

91B-903-

HOH

101B-904-

HOH

詳細The asymmetric unit contains the biological dimer

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要素

#1: タンパク質 Acetolactate synthase isozyme III small subunit / AHAS-III / Acetohydroxy-acid synthase III small subunit / ALS-III


分子量: 18071.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ilvH, brnP / プラスミド: pUH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-blue MRF' / 参照: UniProt: P00894, acetolactate synthase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 10-25 mg/ml protein in 0.5 M MgCl2, 1:1 mixed with reservoir made up of 30-40% PEG400, 0.4-0.6 M MgCl2, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97924, 0.97942, 0.93928
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月30日 / 詳細: bent crystal
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1bent crystalMADMx-ray1
2bent crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979241
20.979421
30.939281
Reflection
IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsD res high (Å)Num. obs% possible obs
114.46196757725144599.5
215.451961576.625144899.5
316.031972446.225146499.5
反射解像度: 1.75→40 Å / Num. all: 38313 / Num. obs: 38313 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.15 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3076 / Num. unique obs: 2905 / Rsym value: 0.59 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_1240.270025161871
ISO_2240.270.8550.58925161871
ISO_3240.270.9110.58525161871
ANO_1240.271.470250540
ANO_2240.270.7820250890
ANO_3240.270.0630251020
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_18.75-40.270026044
ISO_16.26-8.750049647
ISO_15.13-6.260065043
ISO_14.45-5.130078543
ISO_13.99-4.450087948
ISO_13.64-3.990098545
ISO_13.38-3.6400106344
ISO_13.16-3.3800117546
ISO_12.98-3.1600121944
ISO_12.83-2.9800130946
ISO_12.7-2.8300134742
ISO_12.58-2.700146044
ISO_12.48-2.5800148638
ISO_12.39-2.4800155247
ISO_12.31-2.3900161140
ISO_12.24-2.3100169444
ISO_12.17-2.2400172240
ISO_12.11-2.1700178234
ISO_12.05-2.1100181147
ISO_12-2.0500187545
ANO_18.75-40.272.05302570
ANO_16.26-8.752.15604960
ANO_15.13-6.262.01306500
ANO_14.45-5.131.7107850
ANO_13.99-4.451.6108790
ANO_13.64-3.991.56209840
ANO_13.38-3.641.556010630
ANO_13.16-3.381.566011730
ANO_12.98-3.161.665012160
ANO_12.83-2.981.604013080
ANO_12.7-2.831.661013460
ANO_12.58-2.71.615014550
ANO_12.48-2.581.526014830
ANO_12.39-2.481.372015480
ANO_12.31-2.391.233016040
ANO_12.24-2.311.133016860
ANO_12.17-2.241.106017090
ANO_12.11-2.170.93017670
ANO_12.05-2.110.866017990
ANO_12-2.050.803018460
ISO_28.75-40.271.1090.57726044
ISO_26.26-8.751.5270.91849647
ISO_25.13-6.261.3590.98865043
ISO_24.45-5.131.0340.56778543
ISO_23.99-4.451.0250.68487948
ISO_23.64-3.991.050.69398545
ISO_23.38-3.641.0060.643106344
ISO_23.16-3.381.0530.602117546
ISO_22.98-3.161.0910.682121944
ISO_22.83-2.981.1010.81130946
ISO_22.7-2.831.0980.642134742
ISO_22.58-2.70.9840.543146044
ISO_22.48-2.580.9210.401148638
ISO_22.39-2.480.8080.401155247
ISO_22.31-2.390.7230.415161140
ISO_22.24-2.310.6240.365169444
ISO_22.17-2.240.5820.361172240
ISO_22.11-2.170.4820.217178234
ISO_22.05-2.110.4270.174181147
ISO_22-2.050.3760.147187545
ANO_28.75-40.271.50202580
ANO_26.26-8.751.58704960
ANO_25.13-6.261.34106490
ANO_24.45-5.131.15307850
ANO_23.99-4.451.02108790
ANO_23.64-3.990.98909850
ANO_23.38-3.640.873010630
ANO_23.16-3.380.977011730
ANO_22.98-3.160.943012170
ANO_22.83-2.980.965013080
ANO_22.7-2.830.879013450
ANO_22.58-2.70.845014560
ANO_22.48-2.580.768014830
ANO_22.39-2.480.675015480
ANO_22.31-2.390.622016060
ANO_22.24-2.310.542016880
ANO_22.17-2.240.507017100
ANO_22.11-2.170.428017690
ANO_22.05-2.110.388018000
ANO_22-2.050.36018710
ISO_38.75-40.270.8740.52726044
ISO_36.26-8.751.0130.77949647
ISO_35.13-6.261.0260.7665043
ISO_34.45-5.130.9820.56478543
ISO_33.99-4.450.9950.5687948
ISO_33.64-3.991.0560.6398545
ISO_33.38-3.640.9740.569106344
ISO_33.16-3.381.0050.54117546
ISO_32.98-3.161.0220.671121944
ISO_32.83-2.981.0170.726130946
ISO_32.7-2.831.0140.557134742
ISO_32.58-2.70.9830.508146044
ISO_32.48-2.580.9610.503148638
ISO_32.39-2.480.9040.489155247
ISO_32.31-2.390.8410.548161140
ISO_32.24-2.310.7790.386169444
ISO_32.17-2.240.7310.404172240
ISO_32.11-2.170.6510.257178234
ISO_32.05-2.110.5980.26181147
ISO_32-2.050.540.217187545
ANO_38.75-40.270.09702570
ANO_36.26-8.750.09104960
ANO_35.13-6.260.08806500
ANO_34.45-5.130.08307850
ANO_33.99-4.450.07508790
ANO_33.64-3.990.07309850
ANO_33.38-3.640.068010630
ANO_33.16-3.380.071011740
ANO_32.98-3.160.072012170
ANO_32.83-2.980.071013080
ANO_32.7-2.830.071013460
ANO_32.58-2.70.069014570
ANO_32.48-2.580.061014830
ANO_32.39-2.480.057015500
ANO_32.31-2.390.052016070
ANO_32.24-2.310.047016890
ANO_32.17-2.240.045017120
ANO_32.11-2.170.04017710
ANO_32.05-2.110.036018000
ANO_32-2.050.032018730
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
122.15921.6050SE45.260.57
221.84930.97328.107SE34.140.57
316.54114.77725.588SE16.70.49
437.73130.7524.806SE25.970.58
514.75330.17721.119SE33.020.64

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.497 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1917 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
all0.174 38313 --
obs0.174 38302 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.821 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2474 0 52 258 2784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0222534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1181.9983397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5165319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.3123.396106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.85615477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6081527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2430.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.21209
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21715
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2220.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.61.51648
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.88322555
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5573973
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7054.5842
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 132 -
Rwork0.23 2654 -
obs-2786 100 %

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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