PDB-2f1e: Solution structure of ApaG protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f1e

タイトル

Solution structure of ApaG protein

要素

Protein apaG

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ApaG protein / Xanthomonas axonopodis pv.citri

機能・相同性

機能・相同性情報

Uncharacterised protein family ApaG / ApaG domain / ApaG domain / ApaG domain superfamily / ApaG domain / ApaG domain profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Contessa, G. / Pertinhez, T.A. / Spisni, A. / Paci, M. / Farah, C.S. / Cicero, D.O.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Solution structure of ApaG from Xanthomonas axonopodis pv. citri reveals a fibronectin-3 fold.
著者: Cicero, D.O. / Contessa, G.M. / Pertinhez, T.A. / Gallo, M. / Katsuyama, A.M. / Paci, M. / Farah, C.S. / Spisni, A.

履歴

登録	2005年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f1e.cif.gz	730.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f1e.ent.gz	624.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2f1e_validation.pdf.gz	343.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2f1e_full_validation.pdf.gz	486.3 KB	表示
XML形式データ	2f1e_validation.xml.gz	40.4 KB	表示
CIF形式データ	2f1e_validation.cif.gz	67.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/2f1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/2f1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2wl8-2 2c5k-d 1sp0-d 4qey-8 6xke-1 2xee-4 5uzz-d 2xee-2 4j8y-d 2xeh-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein apaG

14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Protein apaG 分子量: 14196.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア) 生物種: Xanthomonas axonopodis / 株: pv. citri / 遺伝子: apaG / プラスミド: pEt-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys / 参照: UniProt: Q8PP26

-
実験

実験	手法: 溶液NMR

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	40 mM NaH2PO4, 50 mM NaCl, 0.5 mM ApaG protein, 5% D2O	H2O
2	40 mM NaH2PO4, 50 mM NaCl, 0.5 mM ApaG protein	D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	0.2	6.8	1 atm	303 K
2	0.2	6.8	1 atm	303 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	700	1
Bruker AMX	Bruker	AMX	400	2

-
解析

NMR software

名称	分類
XwinNMR	collection
NMRPipe	解析
NMRView	データ解析
X-PLOR	構造決定
X-PLOR	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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