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- PDB-2f1c: Crystal structure of the monomeric porin OmpG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f1c
タイトルCrystal structure of the monomeric porin OmpG
要素Outer membrane protein G
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate transmembrane transport / oligosaccharide transporting porin activity / maltose transporting porin activity / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane porin G / Outer membrane protein G (OmpG) / monomeric porin ompg / : / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane porin G
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Subbarao, G.V. / van den Berg, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the Monomeric Porin OmpG.
著者: Subbarao, G.V. / van den Berg, B.
履歴
登録2005年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Outer membrane protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2473
ポリマ－33,6341
非ポリマー6132
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
X: Outer membrane protein G
ヘテロ分子

X: Outer membrane protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4946
ポリマ－67,2682
非ポリマー1,2264
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3340 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area28020 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)98.640, 70.142, 59.501
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein G / OMPG


分子量: 33634.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 生物種: coli / 株: K-12 / 遺伝子: ompG / プラスミド: pB22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 (DE3) / 参照: UniProt: P76045
#2: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 28-32% PEG400, 1-1.5 M sodium formate, 50 mM cacodylate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月14日
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29 Å / Num. all: 20082 / Num. obs: 19961 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1939 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: none

解像度: 2.3→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.26 898 random
Rwork0.233 --
all0.237 17541 -
obs0.237 17507 -
原子変位パラメータBiso mean: 33.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.96 Å20 Å21.32 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3---2.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2100 0 42 113 2255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.74
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.036
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 86 -
Rwork0.269 --
obs-2128 98.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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