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- PDB-2f0a: Crystal Structure of Monomeric Uncomplexed form of Xenopus dishev... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f0a
タイトルCrystal Structure of Monomeric Uncomplexed form of Xenopus dishevelled PDZ domain
要素Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / dishevelled / PDZ domain / monomer
機能・相同性
機能・相同性情報


convergent extension / ciliary basal body organization / convergent extension involved in gastrulation / planar cell polarity pathway involved in neural tube closure / establishment of planar polarity / syndecan binding / dorsal/ventral axis specification / frizzled binding / gastrulation with mouth forming second / activation of GTPase activity ...convergent extension / ciliary basal body organization / convergent extension involved in gastrulation / planar cell polarity pathway involved in neural tube closure / establishment of planar polarity / syndecan binding / dorsal/ventral axis specification / frizzled binding / gastrulation with mouth forming second / activation of GTPase activity / anterior/posterior axis specification / ciliary rootlet / establishment or maintenance of cell polarity / cilium assembly / ephrin receptor signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / ephrin receptor binding / neurogenesis / neural tube closure / cell cortex / cytoplasmic vesicle / protein stabilization / intracellular signal transduction / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dishevelled-2 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain ...Dishevelled-2 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Friedland, N. / Hung, L.-W. / Cheyette, B. / Moon, R.T. / Earnest, T.N.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Conformational flexibility in the PDZ domain of Dishevelled induced by target binding
著者: Friedland, N. / Hung, L.-W. / Cheyette, B. / Miller, J.R. / Moon, R.T. / Earnest, T.N.
履歴
登録2005年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
B: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
C: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
D: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1666
ポリマ－44,0114
非ポリマー1552
水2,738152
1
A: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0031
ポリマ－11,0031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0622
ポリマ－11,0031
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0031
ポリマ－11,0031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0992
ポリマ－11,0031
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area15790 Å2
手法PISA
6
A: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

B: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
D: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1635
ポリマ－33,0083
非ポリマー1552
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_664-x+y+1,-x+1,z-1/31
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area13730 Å2
手法PISA
7
B: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
D: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1614
ポリマ－22,0062
非ポリマー1552
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.834, 89.834, 82.471
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細Monomeric form of dishevelled PDZ domain, uncomplexed

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要素

#1: タンパク質
Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 / Dishevelled-2 / DSH homolog 2 / Xdsh


分子量: 11002.789 Da / 分子数: 4 / 断片: dishevelled PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: dvl2 / プラスミド: pET-21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): N834(DE3) / 参照: UniProt: P51142
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.63 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 1.4 M ammonium sulfate 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9798, 0.9801, 0.9611
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月1日
放射モノクロメーター: Si(111) water-cooled / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97981
20.98011
30.96111
反射解像度: 1.8→19.45 Å / Num. all: 34969 / Num. obs: 34969 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
Adxvdata processing
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.075 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.132
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25263 1753 5 %RANDOM
Rwork0.21371 ---
obs0.21571 33216 99.96 %-
all-34969 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.656 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2550 0 6 152 2708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222581
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6961.963486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6245341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.31125.80693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.1915413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.697155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.21186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21756
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined00.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.95921765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.60732743
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.1116898
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.2038743
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 135 -
Rwork0.301 2432 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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