PDB-2ezr: SOLUTION NMR STRUCTURE OF ECTODOMAIN OF SIV GP41, MODELS 21-30 OF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ezr

タイトル

SOLUTION NMR STRUCTURE OF ECTODOMAIN OF SIV GP41, MODELS 21-30 OF AN ENSEMBLE OF 40 SIMULATED ANNEALING STRUCTURES

要素

GP41

キーワード

VIRAL PROTEIN / VIRUS ENVELOPE PROTEIN / SIV GP41 ECTODOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Caffrey, M. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M.

引用

ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Three-dimensional solution structure of the 44 kDa ectodomain of SIV gp41.
著者: Caffrey, M. / Cai, M. / Kaufman, J. / Stahl, S.J. / Wingfield, P.T. / Covell, D.G. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M.

履歴

登録	1998年5月20日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ezr.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ezr.ent.gz	1004.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ezr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ezr_validation.pdf.gz	356.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ezr_full_validation.pdf.gz	521.9 KB	表示
XML形式データ	2ezr_validation.xml.gz	58.3 KB	表示
CIF形式データ	2ezr_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/2ezr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/2ezr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ezoC 2ezpC 2ezqC 2ezsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ezo-d 2ezp-d 2ezs-d 1hcn-2 2ezq-d 1hrp-2 3pub-d 1qce-d 1324 4bl4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5)

登録構造単位

A: GP41

B: GP41

C: GP41

43.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 40
代表モデル

#1: タンパク質	GP41 分子量: 14431.267 Da / 分子数: 3 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 27 - 149, NUMBERED 1 - 123 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: SOOTEY MANGABEY / 参照: UniProt: Q88033

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	TRIPLE RESONANCE FOR ASSIGNMENT OF PROTEIN: D-HNCA
1	2	1	D-HNCO
1	3	1	D-HN(CO)CA
1	4	1	D-HN(CA)CO D-HN(CA)CB
1	5	1	D-HN(COCA)CB
1	6	1	D-HN(CA)CB
1	7	1	D-C(CC)(CO)NH
1	8	1	HBHA(CO)NH
1	9	1	HCACO
1	10	1	HNCO
1	11	1	HNHA
1	12	1	(H)CCH-COSY
1	13	1	(H)CCH-TOCSY
1	14	1	4D (H)CCH 13C-13C NOE
1	15	1	QUANTITATIVE J CORRELATION FOR COUPLING CONSTANTS
1	16	1	3D 15N-SEPARATED NOE AND ROE
1	17	1	3D 13C-SEPARATED NOE
1	18	1	3D 13C-SEPARATED/12C FILTERED NOE
1	19	1	3D 13C-SEPARATED/15N-FILTERED NOE
1	20	1	3D 15N-SEPARATED/13C-FILTERED NOE
1	21	1	4D 15N/15N-SEPARATED NOE
1	22	1	4D 15N/13C-SEPARATED NOE
1	23	1	4D 13C/13C-SEPARATED NOE EXPERIMENTS: 3D HCA(CO)N FOR THREE-BOND AMIDE DEUTERIUM ISOTOPE SHIFTS;

-
試料調製

試料状態	pH: 3 / 温度: 322 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX500	Bruker	DMX500	500	1
Bruker DMX600	Bruker	DMX600	600	2
Bruker DMX750	Bruker	DMX750	750	3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CNS	精密化
CNS	位相決定

NMR software

名称	分類
CNS	構造決定
CNS	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: NO REFINEMENT WAS DONE

NMRアンサンブル

計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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