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万見
- PDB-2exn: Solution structure for the protein coded by gene locus BB0938 of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2exn
タイトルSolution structure for the protein coded by gene locus BB0938 of Bordetella bronchiseptica. Northeast Structural Genomics target BoR11.
要素Hypothetical protein BoR11
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Beta barrel containing fold / AutoStructure / AutoAssign / NMR structure / BoR11 / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性MOSC, N-terminal beta barrel / MOSC N-terminal beta barrel domain / MOSC_N domain-containing protein / MOSC_N domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
手法溶液NMR / CS assignment: Backbone AutoAssign, manual sidechain HcCH-COSY, TOCSYs. AutoStructure for noesy assign. Hyper Dihedral, Dyana, Xplor(nih), and CNS force-field for simulated annealing (Dyana,xplor run within AutoStructure GUI)
データ登録者Rossi, P. / Ramelot, T. / Xiao, R. / Ho, C.K. / Ma, L.-C. / Acton, T.B. / Kennedy, M.A. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2005
タイトル: (1)H, (13)C, and (15)N Resonance Assignments for the Protein Coded by Gene Locus BB0938 of Bordetella bronchiseptica
著者: Rossi, P. / Ramelot, T. / Xiao, R. / Ho, C.K. / Ma, L.-C. / Acton, T.B. / Kennedy, M.A. / Montelione, G.T.
履歴
登録2005年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2005年11月15日ID: 2B2M
改定 1.02005年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein BoR11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2961
ポリマ－15,2961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 56target function
代表モデルモデル #1lowest target function

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein BoR11


分子量: 15296.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
遺伝子: BB0938 / プラスミド: pBoR11-21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMGK / 参照: UniProt: Q7WNU7, UniProt: A0A0H3LRM9*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1324D 13C-separated NOESY
143HNCA-J
153Hi-Res 13C-HSQC for VL stereospecific
163het-NOE
NMR実験の詳細Text: AutoQF scores after CNS with explicit H2O refinement: final M-score: 0.188 final dp-score: 0.73 (recall=0.986, precision=0.857, F-measure=0.917)

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7mM BoR11 (U-13C,15N), 0.02% NaN3, 10mM DTT, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM MES, pH 6.55% D2O, 95% H2O
20.5mM BoR11 (U-13C,15N), 0.02% NaN3, 10mM DTT, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM MES, pH 6.599.9% D2O
30.8mM BoR11 (5% 13C,U-15N), 0.02% NaN3, 10mM DTT, 5mM CaCl2, 100mM NaCl, 20mM MES, pH 6.55% D2O, 95% H2O
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: atmospheric atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA8003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1cVarian Inc.collection
XwinNMR3.5Bruker Biospin AGcollection
NMRPipe2.1Delaglioデータ解析
AutoStructure2.1.1Huang, Montelione構造決定
AutoAssign1.15Zimmerman, Moseley, Montelioneデータ解析
Sparky3.91Goddardデータ解析
CNS1.1Brunger精密化
xplor(nih)2.0.6Schwieters, Clore構造決定
DYANA1.5Guntert構造決定
精密化手法: CS assignment: Backbone AutoAssign, manual sidechain HcCH-COSY, TOCSYs. AutoStructure for noesy assign. Hyper Dihedral, Dyana, Xplor(nih), and CNS force-field for simulated annealing ...手法: CS assignment: Backbone AutoAssign, manual sidechain HcCH-COSY, TOCSYs. AutoStructure for noesy assign. Hyper Dihedral, Dyana, Xplor(nih), and CNS force-field for simulated annealing (Dyana,xplor run within AutoStructure GUI)
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 56 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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