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- PDB-2ewm: Crystal Structure of the (S)-Specific 1-Phenylethanol Dehydrogena... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ewm
タイトルCrystal Structure of the (S)-Specific 1-Phenylethanol Dehydrogenase of the Denitrifying Bacterium Strain EbN1
要素(S)-1-Phenylethanol dehydrogenase
キーワードTRANSFERASE / Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-1-phenylethanol dehydrogenase / anaerobic ethylbenzene catabolic process / 1-phenylethanol dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / protein homotetramerization / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / : / (S)-1-Phenylethanol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Azoarcus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hoeffken, H.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure and Enzyme kinetics of the (S)-Specific 1-Phenylethanol Dehydrogenase of the denitrifying bacterium Strain EbN1
著者: Hoeffken, H.W. / Duong, M. / Friedrich, T. / Breuer, M. / Hauer, B. / Reinhardt, R. / Rabus, R. / Heider, J.
履歴
登録2005年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (S)-1-Phenylethanol dehydrogenase
B: (S)-1-Phenylethanol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8946
ポリマ－53,3752
非ポリマー1,5194
水3,009167
1
A: (S)-1-Phenylethanol dehydrogenase
B: (S)-1-Phenylethanol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: (S)-1-Phenylethanol dehydrogenase
B: (S)-1-Phenylethanol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,78912
ポリマ－106,7514
非ポリマー3,0388
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_734y+2,x-2,-z-11
Buried area19860 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area29730 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.400, 58.400, 236.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-702-

SO4

21B-701-

SO4

31B-750-

HOH

詳細the biological assembly is the tetramer generated by a two fold axis

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要素

#1: タンパク質 (S)-1-Phenylethanol dehydrogenase


分子量: 26687.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Azoarcus (バクテリア) / 属: Azoarcus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: GenBank: 56476740, UniProt: Q5P5I4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.78 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12-18% PEG 8000, 0.05M potassium phasphate, 3% 2-methyl-2,4-pentanediol crystal was soaked with 5mM NAD+ and 5mM (R)-1-phenylethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00885 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2005年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→28 Å / Num. obs: 16156 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.122 / Num. unique all: 3088 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
CNX精密化
XDSデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EW8

2ew8


解像度: 2.4→28 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 804 -random
Rwork0.176 ---
all0.176 ---
obs0.176 15349 5 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3620 0 98 167 3885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d3.61
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.026
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 122 -
Rwork0.205 --
obs-249 4.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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