PDB-2ewe: Crystal structure of Pectate Lyase C R218K mutant in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ewe

タイトル

Crystal structure of Pectate Lyase C R218K mutant in complex with pentagalacturonic acid

要素

Pectate lyase C

キーワード

LYASE / parallel beta helix / protein-oligosaccharide interactions

機能・相同性

機能・相同性情報

pectate lyase / pectate lyase activity / pectin catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Erwinia chrysanthemi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Scavetta, R.D. / Jurnak, F.

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 1999
タイトル: Structure of a Plant Cell Wall Fragment Complexed to Pectate Lyase C
著者: Scavetta, R.D. / Herron, S.R. / Hotchkiss, A.T. / Kita, N. / Keen, N.T. / Benen, J.A. / Kester, H.C. / Visser, J. / Jurnak, F.

履歴

登録	2005年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年10月20日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.2	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

Remark 600

HETEROGEN Only four of the five subunits of the pentagalacturonic acid were visible in the electron ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ewe.cif.gz	90.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ewe.ent.gz	65.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ewe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ewe_validation.pdf.gz	780.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ewe_full_validation.pdf.gz	783 KB	表示
XML形式データ	2ewe_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	2ewe_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/2ewe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/2ewe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1airS 1plu S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1o8h-d 1o8l-d 4l52-d 1o8j-d 2pec-d 5r53-d 1o8g-d 5r5p-d 1o8i-d 5r5l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pectate lyase C

ヘテロ分子

38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.140, 78.320, 94.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is the monomer.

#1: タンパク質

Pectate lyase C

分子量: 37705.590 Da / 分子数: 1 / 変異: R218K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
属: Dickeya / 株: EC16 / 遺伝子: pelC / プラスミド: pRSET5A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: P11073, pectate lyase

#2: 多糖

alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 722.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpAa1-4DGalpAa1-4DGalpAa1-4DGalpAa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2112A-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.22 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: Grown in 1.0 M ammonium sulfate, 50 mM HEPES. VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K. Crystals then transferred to a solution at pH 9.5 containing cryogenic agents, 7 mM calcium and ...詳細: Grown in 1.0 M ammonium sulfate, 50 mM HEPES. VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K. Crystals then transferred to a solution at pH 9.5 containing cryogenic agents, 7 mM calcium and 50mM penta-galacturonopyranose, and left to soak for 30 hours.

結晶

マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.22 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: Grown in 1.0 M ammonium sulfate, 50 mM HEPES. VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K. Crystals then transferred to a solution at pH 9.5 containing cryogenic agents, 7 mM calcium and ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→23.76 Å / Num. all: 28523 / Num. obs: 28523 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / B_iso Wilson estimate: 22.9 Å² / R_sym value: 0.031 / Net I/σ(I): 11.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR		精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
X-PLOR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: pectate lyase C, PDB entry 1AIR, with arg 218 omitted

1air

解像度: 2.2→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	2638	-	random
R_work	0.186	-	-	-
all	-	26662	-	-
obs	-	26512	96.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2646	0	53	328	3027

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.0006
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.54
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d	1.17

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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