PDB-2eu7: Crystal structure of D1A mutant of nitrophorin 2 complexed with a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2eu7

タイトル

Crystal structure of D1A mutant of nitrophorin 2 complexed with ammonia

要素

Nitrophorin 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / beta barrel / lipocalin / ferric heme / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / toxin activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodnius prolixus (カメムシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Weichsel, A. / Montfort, W.R.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures, ligand induced conformational change and heme deformation in complexes of nitrophorin 2, a nitric oxide transport protein from rhodnius prolixus
著者: Weichsel, A. / Berry, R.E. / Walker, F.A. / Montfort, W.R.

履歴

登録	2005年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2eu7.cif.gz	97.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2eu7.ent.gz	74.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2eu7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/2eu7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/2eu7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2acpC 2ah7C 2al0C 2allC 2ammC 2asnC 2gtfC 1euoS 2a3f C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2a3f-d 3nq3-d 1pm1-d 5nuj-d 4np1-2 2acp-d 2ah7-d 2all-d 2gtf-d 2hys-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

X: Nitrophorin 2

ヘテロ分子

20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.770, 125.300, 34.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	X-245- HOH
2	1	X-357- HOH
3	1	X-404- HOH

#1: タンパク質	Nitrophorin 2 / NP2 / Prolixin-S 分子量: 19905.186 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 25-202 / 変異: D1A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: pET-24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q26241
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-NH3 / AMMONIA 分子量: 17.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1mM protein, 3.2M ammonium phosphate, 100mM Tris HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月11日 / 詳細: bent Si-mirror
放射	モノクロメーター: bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→6 Å / Num. all: 47640 / Num. obs: 47640 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / B_iso Wilson estimate: 14 Å² / R_sym value: 0.14 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 5261 / R_sym value: 0.24 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0003	精密化
XDISPLAYF		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1EUO

1euo

解像度: 1.2→6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 1.288 / SU ML: 0.028 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21512	2426	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17665	-	-	-
all	0.17862	-	-	-
obs	0.17862	45095	88.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.402 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.167 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1424	0	44	238	1706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.083	2.048	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.908	3	3004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.51	5	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.633	30.952	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.448	15	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.734	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	269
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	730
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	923
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.27	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.153	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.635	1.5	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.987	1.5	375
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.947	2	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.97	3	782
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.71	4.5	587
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.003	3	3505
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	10.54	3	239
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.084	3	2740

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.23 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	205	-
R_work	0.191	3527	-
obs	-	3527	98.57 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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