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- PDB-2et0: The structure of a three-way DNA junction in complex with a metal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2et0
タイトルThe structure of a three-way DNA junction in complex with a metallo-supramolecular helicate reveals a new target for drugs
要素5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
キーワードDNA / Drug-DNA complex / 3-way junction / DNA structure recognition
機能・相同性: / Chem-NPM / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Oleksi, A. / Blanco, A.G. / Boer, R. / Uson, I. / Aymami, J. / Coll, M.
引用ジャーナル: ANGEW.CHEM.INT.ED.ENGL. / 年: 2006
タイトル: Molecular Recognition of a Three-Way DNA Junction by a Metallosupramolecular Helicate
著者: Oleksi, A. / Blanco, A.G. / Boer, R. / Uson, I. / Aymami, J. / Rodger, A. / Hannon, M.J. / Coll, M.
履歴
登録2005年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN The het group NPM 1, 2, 3 exists as a complex of three molecules of NPM with two FE(II) ...HETEROGEN The het group NPM 1, 2, 3 exists as a complex of three molecules of NPM with two FE(II) molecules in the structure. The IUPAC name for the complete ligand is 'tris (1,1-bis(N-(4-phenyl)-2-pyridylcaboxaldimine) methane) bis-iron(II) tetrachloride

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,83613
ポリマ－3,6182
非ポリマー2,21711
水81145
1
A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,61527
ポリマ－5,4283
非ポリマー5,18824
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_564-z+1/2,-x+1,y-1/21
crystal symmetry operation10_655-y+1,z+1/2,-x+1/21
2
B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,89212
ポリマ－5,4283
非ポリマー1,4649
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.200, 71.200, 71.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-6-

FE2

21A-7-

FE2

31B-9-

FE2

詳細The asymmetric unit contains one-third of the 3-way junction, the 2nd and 3rd part are generated by the cube body diagonal 3-fold axis. For residues 10 to 16, the biological assembly is constructed by applying symops z,x,y and y,z,x

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-NPM / N-[(1E)-PYRIDIN-2-YLMETHYLENE]-N-[4-(4-{[(1E)-PYRIDIN-2-YLMETHYLENE]AMINO}BENZYL)PHENYL]AMINE / 1,1-BIS(N-(4-PHENYL)-2-PYRIDYLCARBOXALDIMINE)METHANE / 4,4′-メチレンビス[N-(2-ピリジルメチレン)アニリン]


分子量: 376.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H20N4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.08M Mg acetate, 0.05M TrisCl, pH 8.5, 5% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
10.08M Mg acetate11
20.05M TrisCl11
35% PEG40011
40.08M Mg acetate12
50.05M TrisCl12
65% PEG40012

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1611.739, 1.749, 1.627
シンクロトロンESRF ID14-220.933
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2003年9月18日mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2003年12月5日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1two Si(111) crystalsMADMx-ray1
2Diamond (111), Ge(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.7391
21.7491
31.6271
40.9331
反射解像度: 1.7→22.8 Å / Num. all: 7149 / Num. obs: 7149 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 50 % / Rmerge(I) obs: 0.0537 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル最高解像度: 1.7 Å / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
ProDCデータ収集
XDSデータ削減
SHELXDE位相決定
SHELXL-97精密化
XDSデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→22.5 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.291 325 random
Rwork0.256 --
all0.26 7149 -
obs0.258 6182 -
原子変位パラメータBiso mean: 23.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→22.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 239 151 45 435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.041
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.055
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.025

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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