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- PDB-2erv: Crystal structure of the outer membrane enzyme PagL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2erv
タイトルCrystal structure of the outer membrane enzyme PagL
要素hypothetical protein Paer03002360
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Beta barrel / outer membrane / enzyme / hydrolase / lipopolysaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A metabolic process / acyloxyacyl hydrolase / acyloxyacyl hydrolase activity / lipopolysaccharide metabolic process / cell outer membrane / membrane => GO:0016020 / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Lipid A 3-O-deacylase-related / Lipid A 3-O-deacylase (PagL) / Porin - #20 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTAETHYLENE GLYCOL MONODECYL ETHER / Lipid A deacylase PagL
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rutten, L. / Geurtsen, J. / Lambert, W. / Smolenaers, J.J. / Bonvin, A.M. / van der Ley, P. / Egmond, M.R. / Gros, P. / Tommassen, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: Crystal structure and catalytic mechanism of the LPS 3-O-deacylase PagL from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Rutten, L. / Geurtsen, J. / Lambert, W. / Smolenaers, J.J. / Bonvin, A.M. / de Haan, A. / van der Ley, P. / Egmond, M.R. / Gros, P. / Tommassen, J.
履歴
登録2005年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600 HETEROGEN ONLY PARTS OF PENTAETHYLENE GLYCOL MONODECYL ETHER MOLECULES COULD BE MODELED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein Paer03002360
B: hypothetical protein Paer03002360
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,79415
ポリマ－32,2112
非ポリマー4,58313
水2,180121
1
A: hypothetical protein Paer03002360
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6606
ポリマ－16,1061
非ポリマー1,5545
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: hypothetical protein Paer03002360
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1349
ポリマ－16,1061
非ポリマー3,0288
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.264, 48.993, 105.026
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細PagL is a monomer

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein Paer03002360


分子量: 16105.675 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA4661 / プラスミド: pPagL(Pa)(-) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: Q9HVD1
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CXE / PENTAETHYLENE GLYCOL MONODECYL ETHER / ペンタエチレングリコ-ルモノデシルエ-テル


分子量: 378.544 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3000, glycerol, calcium acetate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 28914 / Num. obs: 26464 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): -999 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / % possible obs: 52.2 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. measured obs: 1027 / Num. unique all: 1027 / Rsym value: 0.38 / Χ2: 1.124 / % possible all: 52.2

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位相決定

Phasing dmFOM : 0.55 / FOM acentric: 0.55 / FOM centric: 0.55 / 反射: 21114 / Reflection acentric: 19959 / Reflection centric: 1155
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.3-28.4550.860.870.78936802134
3.9-6.30.910.920.8228572630227
3.1-3.90.840.850.6835603349211
2.8-3.10.630.630.5235533384169
2.4-2.80.370.370.3363276060267
2.2-2.40.190.190.1838813734147

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
RESOLVE2.06位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alanine model of NspA (1P4T) lacking the loops and turns.

1p4t


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 5.876 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1336 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.2 28914 --
obs0.2 26283 90.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20.36 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2261 0 136 121 2518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0212416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6571.9393225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5795291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.89223.592103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12115311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.876159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021821
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2984
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.21590
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1090.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1361.51460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80322254
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.86931130
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8654.5971
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 52 -
Rwork0.186 1119 -
all-1171 -
obs--55.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7317-0.2081-0.32090.17070.33920.80170.07690.01150.167-0.02090.0262-0.03550.1035-0.0686-0.1031-0.0088-0.02520.0125-0.0239-0.0075-0.011616.153423.419924.6423
20.661-0.37650.25320.3097-0.24030.8320.07510.0236-0.0688-0.0132-0.04480.0048-0.09450.0705-0.0303-0.0038-0.0223-0.0066-0.00970.0001-0.038633.959942.931123.9356
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 150 / Label seq-ID: 1 - 150

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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