+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2er6 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The structure of a synthetic pepsin inhibitor complexed with endothiapepsin. | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / ACID PROTEINASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Cooper, J.B. / Foundling, S.I. / Szelke, M. / Blundell, T.L. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of a synthetic pepsin inhibitor complexed with endothiapepsin 著者: Cooper, J. / Foundling, S. / Hemmings, A. / Blundell, T. / Jones, D.M. / Hallett, A. / Szelke, M. #1: ![]() タイトル: The Active Site of Aspartic Proteinases 著者: Pearl, L. / Blundell, T. #2: ![]() タイトル: Active Site of Acid Proteinases 著者: Blundell, T.L. / Jones, H.B. / Khan, G. / Taylor, G. / Sewell, T.S. / Pearl, L.H. / Wood, S.P. #3: ![]() タイトル: The Three-Dimensional Structure of Acid Proteinases 著者: Blundell, T.L. / Jenkins, J.A. / Khan, G. / Roychowdhury, P. / Sewell, T. / Tickle, I.J. / Wood, E.A. #4: ![]() タイトル: Four-Fold Structural Repeat in the Acid Proteases 著者: Blundell, T.L. / Sewell, B.T. / Mclachlan, A.D. #5: ![]() タイトル: Structural Evidence for Gene Duplication in the Evolution of Acid Proteases 著者: Tang, J. / James, M.N.G. / Hsu, I.N. / Jenkins, J.A. / Blundell, T.L. #6: ![]() タイトル: Homology Among Acid Proteases. Comparison of Crystal Structures at 3 Angstroms Resolution of Acid Proteases from Rhizopus Chinensis and Endothia Parasitica 著者: Subramanian, E. / Swan, I.D.A. / Liu, M. / Davies, D.R. / Jenkins, J.A. / Tickle, I.J. / Blundell, T.L. #7: ![]() タイトル: X-Ray Analysis and Circular Dichroism of the Acid Protease from Endothia Parasitica and Chymosin 著者: Jenkins, J. / Tickle, I. / Sewell, T. / Ungaretti, L. / Wollmer, A. / Blundell, T. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 57.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 380.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 389.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Atom site foot note | 1: RESIDUES PRO E 23 AND PRO E 133 ARE CIS PROLINES. 2: THE PEPTIDE BOND BETWEEN PHE I 4 AND PHE I 5 HAS BEEN REDUCED TO CH2-NH2. |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE COMPLETE SEQUENCE WAS DETERMINED BY V. PEDERSEN AS TRYPTIC FRAGMENTS WHICH WERE ALIGNED IN THE ...THE COMPLETE SEQUENCE WAS DETERMINED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 % | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: Moews, P., (1970) J. Mol. Biol., 54, 395. / PH range low: 6.3 / PH range high: 4.5 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 19600 / % possible obs: 88 % / Num. measured all: 30000 / Rmerge(I) obs: 0.04 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2→20 Å 詳細: THE QUANTITY GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD OF THE *ATOM* AND *HETATM* RECORDS BELOW IS U**2, WHICH IS THE MEAN-SQUARE AMPLITUDE OF ATOMIC VIBRATION. THE TEMPERATURE FACTOR, B, CAN BE ...詳細: THE QUANTITY GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD OF THE *ATOM* AND *HETATM* RECORDS BELOW IS U**2, WHICH IS THE MEAN-SQUARE AMPLITUDE OF ATOMIC VIBRATION. THE TEMPERATURE FACTOR, B, CAN BE DERIVED BY THE FOLLOWING RELATION - B = 8 * (PI)**2 * U**2. IT IS AN INDICATION OF POSSIBLE ERRORS IN THE REFINEMENT THAT SOME ARE SLIGHTLY NEGATIVE.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.2 / σ(F): 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |