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- PDB-2epk: N-acetyl-B-D-glucosaminidase (GCNA) from Streptococcus gordonii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2epk
タイトルN-acetyl-B-D-glucosaminidase (GCNA) from Streptococcus gordonii
要素N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / family 20 / gcna / glucosaminidase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / :
類似検索 - 分子機能
N-acetyl-beta-d-glucosaminidase / Glycoside Hydrolase 20C, C-terminal / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase, N-terminal / Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain / Hexosaminidase D-like / N-acetyl-b-d-glucoasminidase / Double Stranded RNA Binding Domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Glycosidases ...N-acetyl-beta-d-glucosaminidase / Glycoside Hydrolase 20C, C-terminal / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase, N-terminal / Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain / Hexosaminidase D-like / N-acetyl-b-d-glucoasminidase / Double Stranded RNA Binding Domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus gordonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Langley, D.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
著者: Langley, D.B. / Harty, D.W.S. / Jacques, N.A. / Hunter, N. / Guss, J.M. / Collyer, C.A.
履歴
登録2007年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_starting_model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7078
ポリマ－73,0351
非ポリマー6727
水3,909217
1
X: N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
ヘテロ分子

X: N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,41516
ポリマ－146,0702
非ポリマー1,34514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area8490 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area43660 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.895, 124.509, 148.536
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 N-acetyl-beta-D-glucosaminidase / glycoside hydrolase


分子量: 73034.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア)
株: FSS2 / 遺伝子: gcna / プラスミド: pHAR100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE) / 参照: UniProt: Q6ST21, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM HEPES, 2M ammonium sulphate, 0.5 %(v/v) PEG400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97928, 0.97945, 0.94929
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月21日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979281
20.979451
30.949291
反射解像度: 1.85→39.97 Å / Num. all: 97867 / Num. obs: 97524 / % possible obs: 99.64 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3.24 / % possible all: 95.58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→39.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 2.807 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2347 4876 5 %RANDOM
Rwork0.21506 ---
obs0.21605 92648 99.64 %-
all-97400 --
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 30.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.84 Å20 Å20 Å2
2---1.89 Å20 Å2
3---4.72 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.085 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4984 0 35 217 5236
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225129
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2241.9546936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77310566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3035615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.74524.701268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.35115906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8611528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025703
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21092
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.24668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.22515
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.22917
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2580.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.52523751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.62621251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.98634891
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.68642369
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.15862043
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.849→1.897 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 333 -
Rwork0.284 6502 -
obs--95.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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