PDB-2ep6: Solution structure of the second C2 domain from human MCTP2 protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ep6

タイトル

Solution structure of the second C2 domain from human MCTP2 protein

要素

MCTP2 protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / beta sandwich / Ca2+ binding / membrane binding / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of neurotransmitter secretion / calcium-mediated signaling / synaptic vesicle membrane / calcium ion binding / nucleoplasm / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the second C2 domain from human MCTP2 protein
著者: Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年3月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ep6.cif.gz	804.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ep6.ent.gz	675.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ep6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/2ep6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/2ep6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5pbr-d 5pcj-d 5pcd-d 5pfd-d 5pdb-d 5pci-d 1wz0-d 5pdm-d 5l8u-d 4cuu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsi002011251.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5)

登録構造単位

A: MCTP2 protein

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	MCTP2 protein 分子量: 14773.800 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: MCTP2 / プラスミド: P060327-19 / 参照: UniProt: Q8TAX2, UniProt: Q6DN12*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.23mM uniformly 13C, 15N-labeled protein; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3 溶媒系: 10% D2O, 90% H2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	900	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20020425	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.9822	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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