PDB-2enm: Solution structure of the SH3 domain from mouse sorting nexin-9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2enm

タイトル

Solution structure of the SH3 domain from mouse sorting nexin-9

要素

Sorting nexin-9

キーワード

ENDOCYTOSIS / SH3-like barrel / Protein transport / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid tube assembly / plasma membrane tubulation / 1-phosphatidylinositol binding / Arp2/3 complex binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Clathrin-mediated endocytosis / cleavage furrow formation / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / clathrin-coated vesicle / endosomal transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Wakabayashi, M. / Kurosaki, C. / Yoshida, M. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the SH3 domain from mouse sorting nexin-9
著者: Wakabayashi, M. / Kurosaki, C. / Yoshida, M. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年3月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2enm.cif.gz	422.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2enm.ent.gz	356.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2enm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2enm_validation.pdf.gz	340.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2enm_full_validation.pdf.gz	463.7 KB	表示
XML形式データ	2enm_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	2enm_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/2enm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/2enm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1pzw-d 1n0y-2 1h0z-d 5pow-2 5pod-2 5pso-2 2kec-d 5po9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: mmi002018106.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (3) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sorting nexin-9

8.04 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Sorting nexin-9 分子量: 8038.771 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: Snx9 / プラスミド: P060130-11 / 参照: UniProt: Q91VH2

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.14mM 13C, 15N-laveled protein; 20mM d-Tris-HCl (pH7.0); 100mM NaCl; d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O 溶媒系: 10% D2O, 90% H2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 296 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
JEOL ECA	JEOL	ECA	700	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	900	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Delta NMR	4.3.2	JEOL	collection
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20031121	Delagio,F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson,B.A.	データ解析
KUJIRA	0.9815	Kobayashi,N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert,P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert,P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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