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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eky | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of hypothetical protein MJ1052 from Methanocaldococcus jannaschii (Form 1) | ||||||
要素 | UPF0045 protein MJ1052 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | : / Thiamine-binding protein / Thiamine-binding protein / Alpha-Beta Plaits - #930 / MTH1187/YkoF-like / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / UPF0045 protein MJ1052 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Mizutani, H. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of hypothetical protein MJ1052 from Methanocaldococcus jannaschii 著者: Mizutani, H. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2eky.cif.gz | 171.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2eky.ent.gz | 137.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2eky.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2eky_validation.pdf.gz | 468.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2eky_full_validation.pdf.gz | 476.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2eky_validation.xml.gz | 37 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2eky_validation.cif.gz | 53.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/2eky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/2eky | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1lxnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11243.202 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: DSM 2661 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q58452 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 50%(v/v) PEG200, 0.1M Tris, pH 7.0, microbatch, temperature 295K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 68040 / Num. obs: 68040 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 9.7 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 6325 / Rsym value: 0.439 / % possible all: 92.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1LXN 解像度: 1.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1648422.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.0032 Å2 / ksol: 0.357144 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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