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- PDB-2ekg: Structure of Thermus thermophilus Proline Dehydrogenase inactivat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ekg
タイトルStructure of Thermus thermophilus Proline Dehydrogenase inactivated by N-propargylglycine
要素Proline dehydrogenase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / proline dehydrogenase / flavoenzyme / PRODH / beta-alpha-barrel / suicide inhibitor / inactivation / flavocyanine
機能・相同性
機能・相同性情報


proline catabolic process / proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / FAD binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3270 / Proline dehydrogenase, bacteria and archaea / Proline oxidase family / TIM Barrel - #220 / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / FAD-linked oxidoreductase-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3270 / Proline dehydrogenase, bacteria and archaea / Proline oxidase family / TIM Barrel - #220 / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / FAD-linked oxidoreductase-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Proline dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者White, T.A. / Tanner, J.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural basis for the inactivation of Thermus thermophilus proline dehydrogenase by N-propargylglycine
著者: White, T.A. / Johnson, W.H. / Whitman, C.P. / Tanner, J.J.
履歴
登録2007年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline dehydrogenase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
B: Proline dehydrogenase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7778
ポリマ－77,7332
非ポリマー2,0446
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Proline dehydrogenase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8884
ポリマ－38,8661
非ポリマー1,0223
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Proline dehydrogenase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8884
ポリマ－38,8661
非ポリマー1,0223
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.383, 90.104, 94.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHORS STATE THAT THE TRUE BIOLOGICAL UNIT FOR THE PROTEIN IS NOT YET KNOWN AND AT THIS TIME THEIR DATA SUPPORTS BOTH MONOMER AND DIMER IN SOLUTION

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要素

#1: タンパク質 Proline dehydrogenase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / L-proline dehydrogenase


分子量: 38866.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27
遺伝子: PROLINE DEHYDROGENASE/DELTA-1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
プラスミド: pKA8H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q72IB8, EC: 1.5.99.8
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100MM MGCL2, 100MM IMIDAZOLE PH=7.0, 14% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月12日 / 詳細: beamline optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→41.96 Å / Num. obs: 55959 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.82 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 12.5 / Scaling rejects: 2462
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.78 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. measured all: 32520 / Num. unique all: 5556 / Χ2: 1.34 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7Lデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
Blu-Iceデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2G37

2g37


解像度: 1.9→41.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.47 / SU ML: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2817 5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.196 55878 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.299 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20 Å2
2---1.28 Å20 Å2
3---1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4750 0 138 334 5222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3142.0296779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9135586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.82921.681232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.15815835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8391562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023761
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.22345
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.23429
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2371
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0870.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.641.53010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03124664
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.90932275
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0934.52115
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 203 -
Rwork0.239 3893 -
obs-4096 99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.97233.9998-9.60971.8255-3.648919.81590.0302-1.09350.4194-1.16230.4065-0.0649-0.24060.6856-0.43670.09240.10430.07730.20560.00020.05135.177.340528.939
23.9631-0.27530.31461.9836-0.64432.2667-0.0425-0.2648-0.38790.16740.09890.31430.1826-0.3337-0.0564-0.0196-0.0452-0.0484-0.0602-0.00980.03858.1684-1.34139.0823
32.3161-0.37531.44481.6516-0.10842.97410.0750.015-0.32670.0056-0.06520.04570.22710.0122-0.0097-0.0636-0.0015-0.0361-0.1418-0.0275-0.033328.0645-4.37110.5571
41.1383-0.25950.29831.90240.06090.7912-0.00990.0760.0335-0.1171-0.01220.06770.01730.01620.0221-0.1135-0.011-0.0388-0.1217-0.003-0.133524.186815.26196.9649
57.8106-11.1822-3.489129.06455.67388.9586-0.6969-1.67110.73820.26831.4128-0.7107-0.82570.6978-0.71590.03-0.0201-0.02130.2754-0.0896-0.041310.22363.951719.9031
610.10041.88661.01811.1273-1.21242.6414-0.39420.14740.95990.14990.2850.22560.2752-0.80740.10920.03310.04620.030.3383-0.13580.09387.357958.654516.4618
71.6319-0.54791.29972.3808-0.79624.0964-0.1770.01460.4403-0.0324-0.0662-0.2227-0.65220.0210.24320.0174-0.011-0.0568-0.1476-0.01150.089632.134863.746910.3175
81.15030.03950.12962.3926-0.36031.43520.03510.15650.127-0.3992-0.03560.0361-0.0593-0.03240.0004-0.04320.0292-0.0203-0.10990.0002-0.086928.605847.07730.8916
91.85110.02490.54714.30030.30081.12130.0356-0.06530.02340.17250.0041-0.13880.0473-0.0326-0.0397-0.1345-0.0028-0.0346-0.1248-0.021-0.124631.895840.527918.2294
102.4113-1.31910.99732.9731-0.94121.8678-0.0601-0.21240.19310.03140.09530.2838-0.1289-0.3403-0.0353-0.08730.0078-0.0379-0.0647-0.05530.004425.785454.573218.5589
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA5 - 1925 - 39
22AA20 - 6340 - 83
33AA64 - 12184 - 141
44AA122 - 280142 - 300
55AA281 - 293301 - 313
66BB-5 - 3515 - 55
77BB36 - 9956 - 119
88BB100 - 225120 - 245
99BB226 - 259246 - 279
1010BB260 - 293280 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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