PDB-2ej5: Crystal structure of GK2038 protein (enoyl-CoA hydratase subunit ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ej5

タイトル

Crystal structure of GK2038 protein (enoyl-CoA hydratase subunit II) from Geobacillus kaustophilus

要素

Enoyl-CoA hydratase subunit II

キーワード

LYASE / structural genomics / GK2038 / enoyl-CoA hydratase subunit II / Geobacillus kaustophilus / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Okazaki, N. / Agari, Y. / Ebihara, A. / Chen, L. / Fu, Z.Q. / Chrzas, J. / Wang, B.C. / Kuramitsu, S. / Yamamoto, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of GK2038 protein (enoyl-CoA hydratase subunit II) from Geobacillus kaustophilus
著者: Okazaki, N. / Agari, Y. / Ebihara, A. / Chen, L. / Fu, Z.Q. / Chrzas, J. / Wang, B.C. / Kuramitsu, S. / Yamamoto, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年3月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ej5.cif.gz	116.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ej5.ent.gz	90.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ej5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/2ej5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/2ej5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4knp-1 4q1g-d 2f6q-d 4u19-d 4lk5-d 2gtr-d 3i27-1 2fw2-3 4mou-d 6lvp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: gka001002038.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase subunit II

B: Enoyl-CoA hydratase subunit II

56.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-CoA hydratase subunit II

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Enoyl-CoA hydratase subunit II

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.008, 117.008, 117.008
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-278- HOH
2	1	A-324- HOH
3	1	B-280- HOH
4	1	B-350- HOH

詳細

The biological assembly is a trimer.

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase subunit II / Phenylacetic acid catabolism / GK2038 protein 分子量: 28210.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 遺伝子: GK2038 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL-X / 参照: UniProt: Q5KYB3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Enoyl-CoA hydratase subunit II / Phenylacetic acid catabolism / GK2038 protein

分子量: 28210.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
遺伝子: GK2038 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL-X / 参照: UniProt: Q5KYB3

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.37	48
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	8	15% PEG3350, 0.1M magnesium formate, pH8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
293	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	8	15% PEG3350, 0.09M magnesium formate, pH8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL26B2	1	0.97894
シンクロトロン	APS	22-BM	2	0.97901

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
RIGAKU JUPITER 210	1	CCD	2006年12月12日	mirrors
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2007年1月31日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Bending Magnet	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Bending Magnet	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97894	1
2	0.97901	1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 36275 / Num. obs: 36275 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.9 % / B_iso Wilson estimate: 22.974 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 19.5

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 20.9 % / R_merge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 12.5 / Num. unique all: 3563 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→32.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 4.154 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24229	1802	5 %	RANDOM
R_work	0.19182	-	-	-
obs	0.19434	34355	99.72 %	-
all	-	36275	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.016 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→32.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3864	0	0	466	4330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	3938
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.597	1.973	5318
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.705	5	499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.288	23.333	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.793	15	687
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.825	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	597
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2966
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.182	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.189	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.109	1.5	2587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.712	2	3957
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.973	3	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.51	4.5	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.001→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	135	-
R_work	0.201	2504	-
obs	-	2639	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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