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- PDB-2eig: Lotus tetragonolobus seed lectin (Isoform) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eig
タイトルLotus tetragonolobus seed lectin (Isoform)
要素lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lotus tetragonolobus / L-fucosyl / N-acetyl-D-glucosamine
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lotus tetragonolobus (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Moreno, F.B.M.B. / Vicoti, M.M. / Abrego, J.R.B. / de Oliveira, T.M. / Bezerra, G.A. / Cavada, B.S. / Filgueira de Azevedo Jr., W.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Identification of a new quaternary association for legume lectins
著者: Moreno, F.B.M.B. / de Oliveira, T.M. / Martil, D.E. / Vicoti, M.M. / Bezerra, G.A. / Abrego, J.R.B. / Cavada, B.S. / Filgueira de Azevedo Jr., W.
履歴
登録2007年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _software.name
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lectin
B: lectin
C: lectin
D: lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,17515
ポリマ－104,1324
非ポリマー1,04411
水10,773598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9915 Å2
ΔGint-110.2 kcal/mol
Surface area31206 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.892, 65.835, 102.537
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
lectin


分子量: 26032.908 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lotus tetragonolobus (マメ科) / 組織: Seed / 参照: UniProt: D0VWW1*PLUS
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE IS NO UNP REFERENCE SEQUENCE DATABASE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 8% PEG 3350, 20% Isopropanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.43 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.43 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.42 Å / Num. obs: 61847 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.459

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→34.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 4.417 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25083 3128 5.1 %RANDOM
Rwork0.18818 ---
obs0.1914 58701 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7228 0 50 598 7876
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0227471
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2011.93310219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.46735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.4015916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.50324.39328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.802151148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8111532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2090.21164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2690.24716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1640.21
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.25215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.2620.22
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2780
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1060.215
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3070.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1080.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2630.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1121.54703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1291.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80127548
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.98533197
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.314.52671
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 207 -
Rwork0.22 4215 -
obs--97.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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