+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2edm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Envelope Protein VP26 from White Spot Syndrome Virus (WSSV) | ||||||
![]() | 22kDa structural protein VP22 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / beta barrel / beta sheet protruding region | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hew, C.L. / Tang, X.H. / Sivaraman, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Major Envelope Proteins VP26 and VP28 from White Spot Syndrome Virus Shed Light on Their Evolutionary Relationship 著者: Tang, X.H. / Wu, J.L. / Sivaraman, J. / Hew, C.L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 32.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 430.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17447.924 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 41-201 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Whispovirus / 生物種: White spot syndrome virus 1 / プラスミド: pGEX6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.03 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.1M citric acid, 3.0M sodium chloride, 1% w/v polyethylene glycol 3350, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月15日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 10798 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 23 % / Rsym value: 0.09 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.3 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|