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万見
- PDB-2ed6: Crystal Structure of Envelope Protein VP28 from White Spot Syndro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ed6
タイトルCrystal Structure of Envelope Protein VP28 from White Spot Syndrome Virus (WSSV)
要素25kDa structural protein VP25
キーワードVIRAL PROTEIN / beta barrel / N-terminal helix protruding region
機能・相同性
機能・相同性情報


viral envelope / membrane
類似検索 - 分子機能
WSSV envelope protein-like / White spot syndrome virus structural envelope protein Vp28 / WSSV envelope protein Vp28 superfamily / White spot syndrome virus structural envelope protein VP / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shrimp white spot syndrome virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hew, C.L. / Sivaraman, J. / Tang, X.H.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of major envelope proteins VP26 and VP28 from white spot syndrome virus shed light on their evolutionary relationship
著者: Tang, X. / Wu, J. / Sivaraman, J. / Hew, C.L.
履歴
登録2007年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月16日Group: Other
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52025年4月30日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 25kDa structural protein VP25
B: 25kDa structural protein VP25
C: 25kDa structural protein VP25
D: 25kDa structural protein VP25
E: 25kDa structural protein VP25
F: 25kDa structural protein VP25
G: 25kDa structural protein VP25
H: 25kDa structural protein VP25
I: 25kDa structural protein VP25
J: 25kDa structural protein VP25
K: 25kDa structural protein VP25
L: 25kDa structural protein VP25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,67412
ポリマ－220,67412
非ポリマー00
水24,9871387
1
A: 25kDa structural protein VP25
B: 25kDa structural protein VP25
C: 25kDa structural protein VP25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1693
ポリマ－55,1693
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6750 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area20510 Å2
手法PISA
2
D: 25kDa structural protein VP25
E: 25kDa structural protein VP25
F: 25kDa structural protein VP25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1693
ポリマ－55,1693
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area20480 Å2
手法PISA
3
G: 25kDa structural protein VP25
H: 25kDa structural protein VP25
I: 25kDa structural protein VP25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1693
ポリマ－55,1693
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
4
J: 25kDa structural protein VP25
K: 25kDa structural protein VP25
L: 25kDa structural protein VP25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1693
ポリマ－55,1693
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.330, 106.710, 200.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細the biological assembly is generated by axis: -X+1/2,-Y,Z+1/2; -X,Y+1/2,-Z+1/2; X+1/2,-Y+1/2,-Z

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要素

#1: タンパク質
25kDa structural protein VP25 / Major structural protein VP28 / VP28 / Envelope protein VP28 / Major virion protein VP28 / Vp28 ...Major structural protein VP28 / VP28 / Envelope protein VP28 / Major virion protein VP28 / Vp28 structural protein / WSSV480 / ORF1 / VP28 / gene family 1 / Wsv421 / Structural protein / 28 kDa structural protein VP28


分子量: 18389.506 Da / 分子数: 12 / 断片: residues 32-201 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shrimp white spot syndrome virus (ウイルス)
属: Whispovirus / 生物種: White spot syndrome virus 1 / プラスミド: pGEX6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ICB7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 8000, 0.2M Ca acetate, 0.1M Na HEPES, 1.5% 1,2,3-heptanetriol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9796, 0.9799, 0.9600
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.97991
30.961
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 152547 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→45 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: ANOMALOUS DATA WAS USED IN THE REFINEMENT.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.281 22890 RANDOM
Rwork0.248 --
all0.281 --
obs0.248 152547 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15456 0 0 1387 16843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0075
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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