+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2.0E+90 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | S. cerevisiae geranylgeranyl pyrophosphate synthase in complex with magnesium, pyrophosphate and FPP | ||||||
![]() | Geranylgeranyl pyrophosphate synthetase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / prenyltransferase / farnesyl pyrophosphate / bisphosphonate | ||||||
機能・相同性 | ![]() Cholesterol biosynthesis / plastoquinone biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / transferase complex / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / prenyltransferase activity ...Cholesterol biosynthesis / plastoquinone biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / transferase complex / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / prenyltransferase activity / farnesyltranstransferase activity / ubiquinone biosynthetic process / terpenoid biosynthetic process / isoprenoid biosynthetic process / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / protein transport / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, R.T. / Ko, T.P. / Chen, C.K.-M. / Jeng, W.Y. / Chang, T.H. / Liang, P.H. / Oldfield, E. / Wang, A.H.-J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Bisphosphonates target multiple sites in both cis- and trans-prenyltransferases 著者: Guo, R.T. / Cao, R. / Liang, P.H. / Ko, T.P. / Chang, T.H. / Hudock, M.P. / Jeng, W.Y. / Chen, C.K.-M. / Zhang, Y. / Song, Y. / Kuo, C.J. / Yin, F. / Oldfield, E. / Wang, A.H.-J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 143 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 111.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 931.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 954.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2e8tC ![]() 2e8uC ![]() 2e8vC ![]() 2e8wC ![]() 2e8xC ![]() 2e91C ![]() 2e92C ![]() 2e93C ![]() 2e94C ![]() 2e95C ![]() 2e98C ![]() 2e99C ![]() 2e9aC ![]() 2e9cC ![]() 2e9dC ![]() 2dh4S ![]() 2e96 ![]() 2e97 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39299.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET32/LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.49 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.08M CH3COONa, 16% PEG 4000, 6-10% glycerol, 6-10% 1,2-propanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 22747 / Num. obs: 21952 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1833 / % possible all: 82.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2DH4 解像度: 2.55→34.14 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.86 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati sigma a obs: 0.24 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→34.14 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å /
|