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万見
- PDB-2e8i: Structure of 6-aminohexanoate-dimer hydrolase, D1 mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e8i
タイトルStructure of 6-aminohexanoate-dimer hydrolase, D1 mutant
要素6-aminohexanoate-dimer hydrolase
キーワードHYDROLASE / ALPHA-BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


6-aminohexanoate-oligomer exohydrolase / 6-aminohexanoate-dimer hydrolase activity / nylon catabolic process
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #420 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #710 / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix non-globular ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #420 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #710 / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix non-globular / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Special / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-aminohexanoate-dimer hydrolase / 6-aminohexanoate-dimer hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Shibata, N. / Higuchi, Y. / Negoro, S.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Molecular design of a nylon-6 byproduct-degrading enzyme from a carboxylesterase with a beta-lactamase fold.
著者: Kawashima, Y. / Ohki, T. / Shibata, N. / Higuchi, Y. / Wakitani, Y. / Matsuura, Y. / Nakata, Y. / Takeo, M. / Kato, D. / Negoro, S.
履歴
登録2007年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-aminohexanoate-dimer hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,94110
ポリマ－42,8981
非ポリマー1,0439
水8,377465
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 6-aminohexanoate-dimer hydrolase
ヘテロ分子

A: 6-aminohexanoate-dimer hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,88120
ポリマ－85,7952
非ポリマー2,08618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area10060 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area27680 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)96.690, 96.690, 112.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-925-

HOH

21A-926-

HOH

31A-938-

HOH

41A-969-

HOH

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要素

#1: タンパク質 6-aminohexanoate-dimer hydrolase / chimera of Nylon oligomers-degrading enzyme EII and Nylon oligomers-degrading enzyme EII'


分子量: 42897.531 Da / 分子数: 1 / 変異: G181D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Flavobacterium sp. (バクテリア) / 株: K172 / 遺伝子: nylB, nylB' / プラスミド: pKP1500 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P07061, UniProt: P07062, 6-aminohexanoate-oligomer exohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ACCORDING TO DEPOSITORS, ARG190 AND HIS191 ARE CORRECT AND SWISSPROT IS INCORRECT AT THESE ...ACCORDING TO DEPOSITORS, ARG190 AND HIS191 ARE CORRECT AND SWISSPROT IS INCORRECT AT THESE POSITIONS. THE CORRECT SEQUENCE FOR RESIDUES 22-392 IS AVAILABLE IN Q59710(SWS).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.36 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, lithium sulfate, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 107985 / Num. obs: 107985 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 25.45
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2.99 / Num. unique all: 10619 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WYB

1wyb


解像度: 1.45→41.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 266854.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 10516 10 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 105033 97 %-
all-107936 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.3865 Å2 / ksol: 0.376691 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20.16 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.76 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→41.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2963 0 64 465 3492
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.981.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.322.5
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 958 9.7 %
Rwork0.272 8894 -
obs--92 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.parammes.top
X-RAY DIFFRACTION4mes.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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