PDB-2e2l: Helicobacter pylori formamidase AmiF contains a fine-tuned cystei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e2l

タイトル

Helicobacter pylori formamidase AmiF contains a fine-tuned cysteine-glutamate-lysine catalytic triad

要素

Formamidase

キーワード

HYDROLASE / Formamidase / AmiF / CEK / catalytic triad / Helicobacter pylori / aliphatic amidase / C166S-Formamide

機能・相同性

機能・相同性情報

formamidase / formamidase activity / N-carbamoylputrescine amidase activity / putrescine biosynthetic process from arginine
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Wang, W.C. / Hung, C.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of Helicobacter pylori formamidase AmiF reveals a cysteine-glutamate-lysine catalytic triad
著者: Hung, C.-L. / Liu, J.-H. / Chiu, W.-C. / Huang, S.-W. / Hwang, J.-K. / Wang, W.-C.

履歴

登録	2006年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e2l.cif.gz	379 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e2l.ent.gz	309.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e2l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2e2l_validation.pdf.gz	493 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2e2l_full_validation.pdf.gz	523.5 KB	表示
XML形式データ	2e2l_validation.xml.gz	73.8 KB	表示
CIF形式データ	2e2l_validation.cif.gz	102.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/2e2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/2e2l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dyuC 2dyvC 2e2kSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5g3p-d 2uxy-1 4e7f-d 2e2k-d 3saq-1 4gyn-1 1tqj-d 5yh1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Formamidase

B: Formamidase

C: Formamidase

D: Formamidase

E: Formamidase

F: Formamidase

ヘテロ分子

224 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.089, 151.795, 89.083
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Formamidase / Formamide amidohydrolase / AmiF 分子量: 37314.332 Da / 分子数: 6 / 変異: C166S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: amiF / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: O25836, formamidase
#2: 化合物	ChemComp-ARF / FORMAMIDE / ホルムアミドタイプ: L-peptide NH3 amino terminus / 分子量: 45.041 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₃NO
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium acetate, 6 % PEG 1500, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→30 Å / Num. all: 89656 / Num. obs: 77740 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.4 %
反射シェル	解像度: 2.29→2.38 Å / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2E2K

2e2k

解像度: 2.29→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 9.231 / SU ML: 0.228 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.63 / ESU R Free: 0.308 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28469	4162	5.1 %	RANDOM
R_work	0.25339	-	-	-
obs	0.25501	77697	90.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.601 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.25 Å²	0 Å²	-0.17 Å²
2-	-	-0.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15007	0	9	735	15751

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	15438
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.947	1.951	20974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.069	5	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.546	24.294	701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.848	15	2481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.458	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	11927
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.17	0.2	8073
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	10381
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.142	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.091	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.241	1.5	9707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.431	2	15160
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.374	3	6783
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.621	4.5	5814
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight position: 10

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2552	loose positional	0
2	2	D	2552	loose positional	0.18
3	3	E	2549	loose positional	0.21
4	4	B	2549	loose positional	0
5	5	C	2549	loose positional	0.22
6	6	F	2549	loose positional	0.19
1	1	A	2552	loose thermal	0
2	2	D	2552	loose thermal	1.83
3	3	E	2549	loose thermal	2.72
4	4	B	2549	loose thermal	0
5	5	C	2549	loose thermal	2.35
6	6	F	2549	loose thermal	2.08

LS精密化シェル

解像度: 2.288→2.347 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	289	-
R_work	0.288	5368	-
obs	-	-	85.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.7054	4.7349	-9.365	9.7209	-15.0774	24.0237	-1.0556	0.688	-0.4633	-0.269	0.1775	-0.367	1.2037	0.1754	0.8782	-0.163	0.0177	-0.0932	-0.1805	-0.0375	-0.0746	-4.4161	-5.5934	38.367
2	19.4639	7.8917	18.4084	3.201	7.5443	22.1636	-1.1092	-0.7902	1.1532	1.3532	0.3264	-1.1511	-0.0601	-0.7175	0.7829	-0.0912	-0.0357	-0.1121	-0.1995	0.0363	0.0225	-32.0556	-46.155	23.2686
3	17.7982	3.3208	-8.059	0.6196	-1.5037	3.6491	0.312	-0.0629	-1.8994	-0.3657	-0.6759	0.0602	-0.4093	0.8488	0.3639	0.0446	-0.0422	-0.1905	-0.0517	0.0198	0.0121	-42.6159	-13.6934	1.4032

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	G	1335
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	60	60
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	133	133
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	166	166
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	167	167
6	X-RAY DIFFRACTION	2	C	H	2335
7	X-RAY DIFFRACTION	2	C	C	60	60
8	X-RAY DIFFRACTION	2	C	C	133	133
9	X-RAY DIFFRACTION	2	C	C	166	166
10	X-RAY DIFFRACTION	2	C	C	167	167
11	X-RAY DIFFRACTION	3	F	I	3335
12	X-RAY DIFFRACTION	3	F	F	60	60
13	X-RAY DIFFRACTION	3	F	F	133	133
14	X-RAY DIFFRACTION	3	F	F	166	166
15	X-RAY DIFFRACTION	3	F	F	167	167

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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